1879年，中国第一所教会大学——圣约翰书院创建，1896年改称圣约翰学校，1906年改称圣约翰大学，有“东方哈佛”之称。从哪里走出了顾维钧、宋子文、荣毅仁、邹韬奋、林语堂、贝聿铭、张爱玲、周有光等等一大批顶级人才和国之栋梁。
基督教会和天主教会在中国相继开办了近20所各类大学和医学院，开启了中国迈向现代文明的重要篇章。
以下是部分教会大学和医学院以及“院校调整”后代变化：
沪江大学（复旦大学、交通大学、华东师范大学、华东政法学院、上海财经学院等校）
圣约翰大学（华东师范大学、复旦大学同济大学、上海交大、上海第二医学院、上海财经大学、华东政法学院）
震旦大学（上海第二医学院；复旦大学、上海第一医学院、华东师范大学、交通大学、同济大学、华东化工学院、华东政法学院、上海财政经济学院、南京大学、南京师范学院）
金陵大学（南京大学）
金陵女子大学（南京师范大学）
东吴大学（苏州大学）
之江大学（浙江师范学院、浙江大学、复旦大学）
燕京大学（北京大学）
天主教辅仁大学（北京师范大学，北京大学，中国人民大学，中国政法大学）
岭南大学（中山大学）
津沽大学（天津大学、南开大学大学、天津师范学院）
华中大学（湖北中医药大学）
齐鲁大学（山东大学、山东师范大学、南京大学）
华西协合大学（四川大学）
福建协和大学（福建师范大学）
湘雅医学院（中南大学湘雅医学院）
广州眼科医局（现为中山大学附属第二医院）
上海仁济医院（现为上海交通大学医学院附属仁济医院）
上海同仁医院（现为上海交通大学医学院附属同仁医院）
苏州公济医院（现为上海市第一人民医院）
苏州博习医院（现苏州大学附属第一医院）
济南共和医学校（现为齐鲁大学医学院又称齐鲁大学医科、
北京道济医院（现为北京市第六医院）
济南华美医院与医校、（现山东大学附属医院）
广州花地精神病医院（中国第一所西式疗法精神病 医院，现为广州市脑科医院）
上海震旦大学医学院（现为上海第二医学院）
成都华西协和大学医学院（四川大学华西医学中心）
协和医学堂（北京协和医院，解放军301医院前身）
传教士组织的中国红十字会救助中心（上海华山医院）
上海圣玛利亚医院（现为上海交通大学医学院附属瑞金医院）
普仁医院（现为北京市普仁医院、无锡市普仁医院）
泸州福音医院（现川南医院，泸州医学院附属医院）
湘雅医学校（中南大学湘雅医学院）
山西川至医学校（现为山西医科大学）
宏恩医院（现为复旦大学附属华东医院）
汉口协和医学堂（现为武汉协和医院，华中科技大学同济医学院附属汉口协和医院）
