1949年8月，汤任福建省政府主席兼厦门警备司令。9月14日，行政院会议通过，简派汤恩伯为福州绥靖公署主任[13]:9009。10月7日，蒋介石抵厦门，“在汤恩伯寓所召集团长以上人员加以慰勉”[16]:253。10月16日，解放军占领厦门后，汤恩伯将总部移到金门。10月20日午间，蒋介石急电驻守金门阵地之汤恩伯，告以：“金门万不能再失，必须就地督战，负责尽职，不能请辞易将。
汤恩伯督导李良荣第二十二兵团，在胡琏第十二兵团部分抵金门后，参酌顾问林保源之建议，让渡海进攻金门的解放军全数阵亡、被俘，是为古宁头战役（金门战役）。之后前往台湾任中华民国总统府战略顾问。
在陈诚、汤恩伯之下，金门岛上的国民党军队则是由两个兵团部具体指挥，分别是李良荣的第22兵团部，胡琏的第12兵团部。
胡琏，民国陆军一级上将，黄埔军校四期毕业，是国民政府统治大陆后期的著名将领。蒋军中有“二胡”，胡宗南与胡琏。前者号称“西北王”，后者号称“金门王”。今日台湾军队流行的口头禅是:“十个西北王，抵不上一个金门王。”
金门战役之后，很长一段时间内我军一直想做重战金门、解放台湾的准备。蒋介石则一直让胡琏固守金门，就是因为他熟悉我军。1977年胡琏逝世，遗嘱将自己水葬于金门、厦门之间的海底深处，自称“长眠海域，魂护台、澎”。
李良荣陆军中将，黄埔一期，为人低调。当年孙中山阅兵时还曾拍拍李良荣的肩膀，称“好小子”。
在李良荣、胡琏之下，则是有3个军部负责一线指挥，分别是25军军长沈向奎，18军军长高魁元，19军军长刘云瀚。
在蒋介石的安排下，林保源从台湾前往金门，担任汤恩伯第5军管区司令的顾问，领“中将”军衔。汤恩伯则尊称为“顾问阁下”，每天一起吃饭，并且都让他坐上座。
当时，中国人民解放军迅速南进，已经抵达福建沿海一带，集结驻防在厦门。随后开始登陆金门岛。国民党军队负隅顽抗，阻止解放军的登陆，受到重创。
1952年6月25日，林保源乘坐当时台湾民航空运公司( CAT)的航班回到日本。临行前，汤恩伯向他颁发了一张题为“义薄云天”的感谢状，称赞“危难生死置之度外”，落款是“汤恩伯”三个字。
