您好！这是一个非常具体且很好的问题，涉及到中国农村土地制度的核心变迁。
答案是：是的，在九十年代，上海农村仍然有属于集体的耕地，并且也存在少量没有分包到户、而直接由集体经营的土地。
下面我为您详细解释一下这种情况的背景和具体形式：
1. 土地所有权：毫无疑问属于集体
首先，最根本的一点是，根据中国宪法和《土地管理法》，所有农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有。这个原则在整个九十年代以及今天都没有改变。
因此，上海农村所有的耕地，其所有权都归属于村集体（可能是村、村民小组/生产队）。农民拥有的是土地的“承包经营权”，而不是所有权。所以，从所有权角度看，所有耕地都是“属于集体的”。
2. 土地经营方式：以家庭承包为主，但存在集体统一经营
九十年代的中国农村，普遍实行的是“统分结合的双层经营体制”。这个体制包含两个层面：
3. 哪些土地可能由集体直接经营？
在九十年代的上海农村，没有分包下去、由集体直接经营的土地主要包括以下几种情况：
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机动地：村集体在最初分包时，通常会预留一小部分耕地（一般不超过总面积的5%）作为“机动地”，用于应对未来人口变动（如新生儿、婚嫁迁入等）所需的土地调整。在调整之前，这些机动地往往由集体统一经营或短期发包。
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难以分割的资产：例如一些村办的农场、果园、鱼塘、养殖场、苗圃等。这些资产需要规模化、专业化经营，分割给单个农户不现实，因此常常由村集体经济组织（如农工商联合公司）直接经营，村民可以入股或在其中工作。
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乡镇企业和工业园区的用地：九十年代是上海乡镇企业（苏南模式）大发展的时期。村集体为了发展集体经济，会集中一部分土地兴办工厂或建立工业开发区。这些土地的性质可能仍然是集体建设用地或耕地（但办理了转用手续），其经营由村集体主导。
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为提供公共服务而保留的土地：例如集体使用的打谷场、仓库、农机站、水利设施等占用的土地。
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“两田制”下的“责任田”：在九十年代前期，一些地方推行过“两田制”（口粮田和责任田）。口粮田按人头分包，保障基本生活；责任田则相对集中，由集体招标承包，适度规模经营，承包费作为集体收入。上海郊区作为经济发达地区，这种模式有一定程度的探索。
上海地区的特殊性
上海作为中国最发达的城市之一，其农村情况有其特点：
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集体经济实力较强：上海的村集体往往有较强的经济实力和组织能力，来自乡镇企业的收入较多，因此更有能力去直接经营一些项目，而不是单纯地将所有土地一分了之。
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城市化进程快：九十年代浦东开发开放带动了整个上海的高速发展，城乡结合部地区征地现象非常普遍。集体经营的土地可能很快被征用转为国有建设用地。
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规模经营探索早：由于靠近大城市，市场需求旺盛，上海郊区在发展高效农业、观光农业、规模经营方面走在全国前列，这需要集体层面进行更多的规划和统一运作。
总结
总而言之，在九十年代的上海农村：
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所有权：所有耕地法律上的所有者都是农村集体经济组织。
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经营权：绝大部分耕地已经以家庭承包的方式分包给了农户。
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例外情况：确实存在一小部分土地没有分包到户，而是由集体直接统一经营。这些土地主要包括机动地、村办农场、鱼塘、工业用地以及为公共服务预留的土地等。
因此，您的问题的答案是肯定的。集体耕地和集体直接经营的土地在九十年代的上海农村是并存的，后者虽是少数，但却是“统分结合的双层经营体制”中“统”的重要组成部分。
