被日本扶持的苏加诺在日降后，抢占权力真空宣布印尼独立，及独立战争中对华裔和其他族裔平民的屠杀。

在太平洋战争结束后的印度尼西亚，有一段日军撤离和荷兰委托英军重新占领印尼之间的权力真空。长期致力于印尼独立曾被荷兰殖民当局关押，并在日占时期与占领军合作而做大的苏加诺，抓住了这个瞬间即逝的历史机遇，于1945年8月17日宣布印度尼西亚独立，印尼独立战争爆发。最先到达的英军处境很尴尬，因为其部队都是印度士兵组成的，他们认同过去日本人和眼下印尼独立运动的亚洲是亚洲人的宣传。后来登岛的荷兰军队倒是控制了主要城市，但荷兰那点军队没有力量统治广大的农村。当地人的武装与荷兰军队之间展开了残酷的战争，史称Bershiap (当地语“准备好”)。联想起我们小时候的少先队经历：红领巾由鲜血染成，口号是“时刻准备着”，不寒而栗。

大量史料证明，印尼独立战争的双方都犯下了令人发指的战争罪。印尼武装人员以反革命，亲荷卖国的罪名屠杀了数万平民，除了欧洲白人，欧亚混血人（早期的荷兰殖民者没有带女人，他们在印尼生活繁衍了300年），还包括大量的华人。苏加诺宣布印尼独立后，经济地位处于白人和原住民之间的华人，与原住民之间的矛盾加剧。在那以后的印尼历史上还发生了多起反华、排华流血事件，

印尼华人的万人坑。

苏加诺早年接触过费边主义，马克思主义，康德、黑格尔和卢梭的西方学说，但对他影响最大的是亚洲以“三民主义”为标志的孙中山学说和以“不合作主义”为特征的甘地思想。孙中山早年鼓吹所谓“大亚洲主义”，甘地提出排斥一切西方文明，返朴归真的社会理想，这些对苏加诺有影响，形成了他的有地域色彩的民族主义思想，认为西方帝国主义是全亚洲人民的共同敌人，反殖民主义就是反西方，而对日本帝国主义丧失警惕和缺乏认识。加上苏加诺长期受到荷兰殖民当局的监禁和迫害，很容易与日本占领军的反西方宣传产生共鸣，与他们合作。

苏加诺的领袖地位是在日占时期奠定起来的，印尼有公认的领袖人物也起源于日占时期。苏加诺力争让日本占领当局更多地放权给印尼官员，让印尼人管理印尼人的事务。苏加诺利用他的职务“合法”地做了大量的工作，包括在日军的监督下组织和指挥印尼人的行政系统和军事系统；沟通各岛屿之间的联系，减少地方独立性；维持战时经济，在满足日军所需的情况下尽其所能维持印尼的民生；在日军的允许下进行语言改革，推行和普及统一的印尼语；建立初、中、高一体化的国民教育系统，废除荷印时代的种族隔离和民族歧视政策，确立国民受教育机会均等原则，等等。许多工作，苏加诺等是借助日本占领军所订出的“铲除西化”的旗号进行的，因而破除了一些荷兰殖民统治的旧制度，确立了一些带印尼色彩的新制度，在一定程度上增进了印尼民族经济文化的发展，促进了印尼人民民族意识的觉醒和国家意识的复苏，为印尼的独立奠定了思想基础。

日占时期印尼人建立了自己的行政和军事系统，为日后独立国家的建立做了组织准备。日军为了筹款筹粮需要有一个自上而下的政府机关，起用了以苏加诺为首的能干而有经验的印尼公务员来填补荷兰人留下的空缺。虽然有日军监督，但使行政机构顺利运转主要依赖印尼官员。到日本投降前夕，除了少数最高职位仍掌握在日本人手中，印尼人基本上自己控制了各级行政部门，为过渡到独立的印尼国家运作创造了条件。 

另外一个不得不提的史实是，荷兰是在美国的压力下，最终放弃武力，承认印尼独立的。