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保卫战的决定
11月，对于首都防卫，白崇禧一开始便表示：“现部队已残破不全，也没有后续部队可调度，建议宣布南京为不设防城市。”张群则说：“如我军自动退出南京，将来和谈时，日军就不能以武力攻占南京的战胜者自居。”陈诚当时也反对守南京。
刘斐回忆：“战局的演变，使蒋介石筹建了多年的吴福线和锡澄线国防工事，丝毫没有起到阻止敌人前进的作用，出乎意外地迫使他急于解决南京防守的问题。”11月中旬连续在蒋中正的中山陵园官邸召开了三次高级幕僚会议。
11月12日，蒋中正召开第一次防卫会议，何应钦、白崇禧、徐永昌和作战组组长刘斐等几个人参加，蒋公说：“说南京是国际观瞻所系，守是应该守一下的，至于如何守法，值得再加考虑。”刘斐建议：“日军拥有海陆空优势，国军将处在立体包围之下，加上上海会战损失太大，国军未经整训，无法恢复战力。建议用12至18个团象征性的适当抵抗后主动撤退。”与会的何应钦、白崇禧、徐永昌均表示支持。蒋中正并没有马上作出决定，但在会议之后曾一度有不守南京的念头。
11月17日第二防卫会议有何应钦、白崇禧、徐永昌、刘斐，以及唐生智（时任军法执行总监部总监）、王俊（时任第一部次长）、谷正伦（时任南京警卫司令）参加，蒋公在这次会上既没有作肯定的决定，也没有改变以前的部署。唐支持蒋公守的意见，白、刘坚持应付守一下的原意，其他人没有明确表态。然唐虽然主张守，却认为应由谷正伦、桂永清为城防正、副司令，或再加上罗卓英为总司令就可以了，这一点同蒋公设想不符，再次休会。
11月18日一整天，蒋找唐生智沟通，带领唐到了南京复廓一带看桂永清所指挥的教导总队的阵地。蒋希望由唐来守，在唐应允后，11月18日召开第三次防卫会议，会议上蒋问：“谁负责固守南京为好?”这时没有一个人做声。最后唐生智打破了一时的沉寂，坚决地说：“委员长，若没有别人负责，我愿意勉为其难，我一定坚决死守，与南京城共存亡!”“现在敌人已迫近首都，首都是国父陵寝所在地。值此大敌当前，在南京如不牺牲一二员大将，我们不特对不起总理在天之灵，更对不起我们的最高统帅。本人主张死守南京，和敌人拼到底！”蒋说：“很好，就由孟潇负责。”蒋并望着何应钦说：“就这么办，有什么要准备的，马上办，可让孟潇先行视事，命令随即发表。”何应钦表示唐生智担负这个责任很适当，蒋中正也认为，南京为首都所在，总理陵寝所在，不可不作重大牺牲，期望固守南京三个月至一年[26]。白崇禧回忆参加第三次作战会议：
“淞沪会战转移阵地之前，对南京防守事宜，蒋委员长曾经召开高级将领会议。出席之高级将领有参谋总长何敬之将军，训练总监唐生智将军，第一部副部长王俊将军与我等人。委员长在会场宣称南京是我们之首都，国父陵寝之所在地，必须防守。会中询问谁愿担任防守责任，唐生智立起发言，慷慨陈词，自愿防守。他批评自抗战以来中下级士官牺牲甚多，但未见有高级军官牺牲者，他愿担任防守责任与城共存亡。委员长嘉奖其壮志，但与会人多为唐担心。因为参加南京保卫战的部队，多是甫由淞沪战场撤下，有的部队伤亡过半，至少也在三分之一以上，而沿途撤退，上有敌机，后有追兵，士气非常低落。以久战疲敝之师来保卫南京，这是我们为唐担心的最大原因。
宋希濂回忆：
“我于二十三、二十四两日先后会见了唐、白崇禧、张群、王俊（第一部次长）、钱大钧（蒋之侍从室主任）、萧自诚（蒋之秘书）等人，大体了解到关于守卫南京的会议经过及计划。自敌军在金山卫登陆，上海战局急转直下之后，“守不守南京”成为当时军事上的中心问题。蒋介石于十七、十八两日曾三次遨集何应钦、白崇禧、唐生智、徐永昌、王俊，刘斐、谷正伦等人开会。……由于意见分歧，在头两次会议上未作出决定。到十八日晚最后的一次会议，蒋介石说：“南京是我国的首都，为国际观瞻听系，对全国人心也有重大影响，完全不守是不可以的。应较十二个团的兵力酌量增加。”随着蒋介石就问：“守南京问题就这样奂定，大家看谁来负责好？”当时都没有人作声，沉默了一会儿。唐生智自告奋勇说军人以身许国，当此危难之际，何能畏难以求荀安。如果委员长还没有预定人来担任，我愿负此责。”
据这些人回忆，李宗仁未参加保卫南京的三次作战会议。但有说法李宗仁也参加了防守南京三次作战会议，主张弃守南京：“南京在战术上是个绝地，敌人可三面合围，而北面又阻于长江，无路可退，以新受挫折的部队来坐困孤城，实难望久守。”蒋中正询问德国军事顾问亚历山大·冯·法肯豪森，他以军事观点赞成李宗仁的论点，并竭力主张“不作无谓的牺牲[27]。”
11月20日，蒋中正任命唐生智为南京卫戍司令官。11月21日，蒋中正在日记中留下：“文人老朽，以军事失利，皆倡和议，而高级将领，亦有丧胆落魄而望和者。呜呼！若辈竟无革命精神若此，究不知其昔日倡言抗战之为何也。”[28]11月23日，日军至无锡，无锡一失南京屏障已去[11]:81。宋希濂回忆：“截至11月25日止，国民政府所属各机关都已迁移到武汉或重庆去了。在八一三上海战争未爆发以前，南京人口约为100万，至此所剩仅30余万。”11月26日，日记：“南京孤城不能守，然不能不守，对国对民殊难为怀也。”11月27日日记：“余能多留京一日，则国家与人民及前方军队多一日之益，总理与阵亡将士亦多得一日之安。”11月27日，蒋巡视南京城防工事。11月28日，另一路日军进犯宜兴[11]:82。12月1日，蒋下令将沿海工厂、企业等陆续迁入内地复工生产。
