1948年12月，北平被围。国民党派飞机去北平接走专家学者。陈不上飞机，说不愿坐国民党官僚的飞机。直到教育部派飞机，他才和胡适一起离开北平。那么陈为什么就看不上国民党呢？
1940年，任中央研究院院长的蔡元培在香港去世，国民政府决定投票选举新的院长。陈听说蒋委员长已内定人选，颇为不满，于是陈特意从昆明赶到重庆去为胡适投票。陈寅恪放出话来:本人大老远来重庆，只为胡适投一票！
在即将进入正式选举程序时，作为评议会秘书长的翁文灏接到蒋侍从室二处的条子“盼以顾孟余为中研院院长”。此做法引起了评议员的激愤。因其不但违反了中研院的选举条例，也是对学者们的自由思想和独立精神的侮辱，陈寅恪当场明确表示，必须把胡适选出。
事后，蒋在宴会上讲话。陈寅恪是第一次与蒋谋面。由于陈布雷下条子的事，陈寅恪心存不满，对蒋介石没什么好感，当晚写下《重庆春暮夜宴归有作》（附后）。
1947年的一天，北平国民党的军警宪特以防共为由，深夜挨家挨户地搜查抓人。引起恐慌。第二天，北平十三位教授（包括陈）发表声明，谴责这种行为。陈愤怒地说，夜入民宅，非奸即盗！
1948年北平物价飞涨，连像陈这样的大教授都穷得吃不上饭。陈只能半捐半卖地把自己收集的一些珍本给了北大图书馆。并由季羡林作价给了陈两千美金。其实陈的这些书的价值远高于此。
1948年的一天，陈发现班上的学生有些突然不见了。后来一打听才知道是为了躲避国民党的抓捕。陈后来和别人说，我班上的好学生都是共产党。我感觉他们会成功，因为好学生都跑到他们那边儿去了。
陈寅恪先生的事就先说到这里吧。个中的原因可能就在他的这首诗中。
颇恨平生未蜀游，无端乘兴到渝州。
千年故垒英雄尽，万里长江日夜流。
食蛤那知天下事，看花愁近最高楼。
行都灯火春塞夕，一梦迷离更白头。
