个人之见，用军区，意为整个军区；地名+部队，则是单指驻扎在该地区军事单位。

如果用南京军区。则指驻扎在江苏，安徽，浙江，山东等地的，所有属于南京军区领导，管理的部队，包括省军区，军分区，警备区。

南京部队，则单指驻扎在南京地区的部队，当然，不仅仅是陆军，也包括了空军，海军，以及不归南京军区管理的部队。