应该说，郭汝瑰为毛泽东夺取天下立了丰功、奇功，可是在中共建立革命政权后，只给了他一个川南行署交通厅长一职，相当于一个副局干部。好在他淡泊名利，只要老百姓生活得好，国家不再有贪官墨吏，至于个人升沉荣衰并不怎么介意。不久，他奉命调到新建的南京军事学院任合同战术教授会教员、司令部工作教授会教学组长、军史史料教研处副处长。不久被怀疑为国民党潜伏下来的特务，在“肃反”运动中遭关押审查。
原来他1949年举行的那个率众起义是假起义，有不少起义人员“反水”叛变，杀了共产党派去的军代表。其中有个起义师长叫肖烈，后被判处无期徒刑，1964年冬我被关押在四川省第四监狱时竟和这位矮个子师长同一个中队，据他说起义部队根本无人“反水”，中共反正枪毙了不少人，判刑了不少人，团长、营长、连长、以至班排长，多遭杀戮。肖一直不“认罪”，说自已是“有功之臣”，直到1975年才获特赦。好在郭汝瑰安然无恙，“肃反”后仍当他的教员。
当然，无端被诬，他不能不有意见，心想自已为共产党革命做出了这么大的贡献，反被疑为特务，真是滑稽至极！好在这个运动很快结束，对他伤害不算大。不过他发觉，现在的共产党与自已当年所“信奉”的共产党有“天壤之别”，认为“肃反”是无法无天，践踏民主，破坏宪法，无端诬陷好人。在一份材料中他写道：“一些无耻之徒，希图过关，假坦白，攀诬好人。一时满城风雨，鬼影憧憧，逼得悬梁的悬梁，投水的投水”。
为此，在1957年“整风运动”中，他在中共南京市委召开的一次座谈会上将心里积怨与不满，一古脑儿地倾倒出来：“刘邦入关，约法三章；李世民尊贤纳谏，从善入流，所以才能将政权巩固几百年。我们要力行民主法制，才能长治久安。”
为此被定成右派，遭到猛烈的批判斗争。由于他是起义将领，中共法外施恩，宽上加宽，只把他降职降薪发配到农场进行监督劳动改造。在不久的“文化大革命”中，他又作为死老虎“学术权威”拉出来批斗，抄家游街备尝辛酸。好在他是聪明人，从不硬顶硬抗，别人怎么说他就怎么认，方逃过死亡一劫。
在这凄风苦雨二十多年的贱民生活中，他想得很多很多，金戈铁马，淞沪大战；冠盖如云，拜将封相。还冒着生命危险，把国军对共军作战的最高机密全给了毛泽东，才使他登上皇帝的宝座，到今天自已却成了阶下囚。历史啊历史，你该怎么回答这个问题？直到1978年他的“问题”才得到解决，此时郭汝瑰已是七十一岁的老人了，还能做什么呢？
不过还好，他以无权无钱耄耋之躯，联络当年各方战友编写了两本600余万字的巨著《中国军事史》和《中国抗日战争正面作战战记》，道出了一个历史事实：自1937年7月至1945年8月之间，中华民国政府军发动大型会战22次，重要战斗1117次，小型战斗28931次。陆军阵亡、负伤、失踪321万1419人。空军阵亡4321人，毁机2468架。国民党是抗日的，蒋介石先生是抗日的。
在他1997年生命结束前夕，说了这样一段有意思的话：“不为国家、民族利益着想，而徒谈忠义，只会助长专制独裁，阻碍社会进步。”这是忏悔呢，还是觉悟？不得而知，让后人去想象吧？
郭汝瑰在晚年享受副兵团级待遇不久却遭车祸身亡 。他的儿子这样评价父亲郭汝瑰：“我爸爸在军事上是大学生，在政治上是小学生。”
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