余英时在目前史学界的声望极盛，各种荣誉齐集其身。最近出版的《如沐春风 余英时教授的为学与处世：余英时教授九秩寿庆文集》，一举网罗了王汎森、田浩、丘慧芬、何俊、河田悌一、林富士、周质平、陈珏、陈弱水、彭国翔、葛兆光、郑培凯、冀小斌、谢政谕、罗志田、陶德民等大咖为其颂寿，时望之隆，可见一斑。
但历来对他的批评其实一直没断，他的学术成就仍是很有争议的。
例如1954年他写《郭沫若抄袭钱穆考——〈十批判书〉与〈先秦诸子系年〉互校记》枚举了两书的相似论述，认为是抄袭。后来学者瞿清福、耿清珩《一桩学术公案的真相》、王学泰《谈谈稷下学史料与研究》等等都反驳了余英时，认为他歪曲了事实。
1971年，余英时写了《方以智晚节考》。1978 他回大陆访问，遇李学勤，知其62年与人合写有《方以智死难事迹考一文》，中有部分资料为其所未见，使他对方以智死难及方家粤案真相有了更深一层了解；又见到了以前没见过的方以智《青原山志略》一书，遂于1979年写了《方以智晚节新证》，对《晚节考》中若干细节重新予以补充、更正。1979年，又据汪世清先生意见，修正《晚节考》，写《方以智晚节新考》。1985年，再针对海内外学者对《晚节考》《新证》《新考》等文的一些质疑，又写了《方以智自沉惶恐滩考》。可见余英时的研究本不精密，需要大幅修改。
又如1976年余英时发表过《说鸿门宴的座次》，认为：北向为最卑的臣位，所以刘邦北向坐是表示臣服的意思，而项羽也正式接受了刘邦的臣服。清华大学李飞、中国人民大学费晓健都认为他的考据错了，“宾主位东西面，君臣位南北面”是战国秦汉时的通义，且是两个相互独立的场景，在君臣位中最卑的北向，在宾主位中也没有了臣服的含义。学者许锡强则认为，刘邦到鸿门来是为谢罪而不是赴宴，在项羽面前早已失去了主客相称的平等关系。且项羽率兵钜鹿一战击败秦军主力后，已是抗秦联军统帅。待刘邦以属下视之，是合情合理的，并非存心轻侮。其他还有许多文章也都认为余英时搞错了。
还有，1977年余英时《论戴震与章学诚：清代中期学术思想史研究》出版。在中国十八世纪学术研讨会上，徐复观就批评了他，说他对戴震和章学诚的研究法，重心理分析。但一个人的心理是与其人格关联在一起。而戴震人品有问题，所以余英时只从心理方面谈，并不妥当。
2004年余英时出版《朱熹的历史世界》，更引起了很大的争论。因其中把他当年在《犹记风吹水上鳞》中表达的观点，做了一个学术上的论证，显示了与牟宗三一系在儒学理解和学术进路上的歧异，故新儒家阵营当然会有不同看法。而史学界也同样有商榷的声音。余先生曾回应了刘述先、杨儒宾等人的批评；但还有许多他尚未及回应，例如吴震对余英时的“内圣外王连续体”新说就有许多质疑：
一、从逻辑上看，“内圣外王连续体”虽不难理解，但当他说南宋理学家亦以“内圣”为主之时，并没有明确区分朱熹和陆九渊在内圣外王问题上有何具体的认识差别。如此，便引发一个问题：我们如何理解朱陆之争中朱熹和陆九渊所分别代表的观点立场？
二、从逻辑上说，内圣外王是一连续体。然从具体实践的过程看，则必以内圣为本外王为末，先内圣然后才有可能实现外王。
故当朱熹从工夫论的角度思考内圣外王之问题时，他有一基本思路：先内圣后外王不仅是士大夫的通则，而且也是人君须遵守的工夫之道。可见，在“内圣外王连续体”这一表述中，仍有主次本末之分，不可含糊视之。余先生忽略了这一点。
三、余先生对于历来学界有关朱陆之争的考察有强烈的反拨意识，他非常不满当今学界从“内圣”之学的立场来讨论所谓的“朱陆异同”。强调：应从“宋代政治文化的角度”来重新“检视朱熹和陆九渊的关系”，并声明：“以往‘朱陆异同’论者所经常征引的资料，特别是朱陆两人彼此之间的评论，我将一概略而不提，因为这些评论基本上都是有关‘内圣’方面的分歧。”若从宋代政治文化的角度视之，朱陆两人的内圣分歧并不影响两人在外王方面趋于一致。他断言：“这是对于‘朱陆异同’之谜的最明确的解答。”
然而，若以朱陆在内圣上有根本分歧为一共同前提、若以“内圣外王连续体”为适用于朱陆的共同预设，何以内圣有异而外王却能“基本一致”？信若是，则内圣与外王又何以“连续”？
四、余先生认为“内圣外王”的基本义是“以重建秩序为终极关怀”。因此，不管内圣工夫的进路有多大差异，都能在终极关怀这一志向上携手合作、齐步并进，因为这是作为理学家的共同宿命。也就是说，尽管内圣有异，但并不妨碍他们在外王上趋于一致。
然而若按此观点推论，则可得出这样的结论：道德修养上的差异并不能直接影响政治取向，因为政治是一独立的领域而绝不是道德的直接延伸，因此虽然对于政治主体应有道德的要求，但是政治不能化约为道德。所以尽管理学家官僚集团在内圣上有激烈争论（如朱陆、朱陈），但却能在外王事业上惺惺相惜、团结合作。这个看法有点类似于主张政治自主的当代政治学理论。所谓政治自主性，即主张政治作为相对独立的领域，须从宗教干预以及道德审判中独立出来。毫无疑问，这是西方近代以来对政治的一种理解模式。
事实上，相比于“道学集团”的士大夫来说，“职业政治家”却能较为清醒地把握道德与政治的距离。至于他们拥有怎样的内圣之学？他们看待内圣与外王究竟是断裂还是连续？惜乎余英时并未对此展开充分论述。
与此相反，由“内圣”而进于“外王”、由“道德”而进于“政治”，则是理学型士大夫这一政治群体的立场预设。例如后人评价王安石往往会采用这样一种典型的说法，即新政失败端在于王安石个人的“心术”不正，这个说法到了明代几乎成了历史定论。这是说，王安石的人格缺失是导致政治行为失败的终极原因，可以说这是典型的道德决定论。
值得深思的是，道学群体有关道德与政治的这类近乎理想主义的看法，却成了官僚集团猛烈抨击“道学”的一个借口。在他们看来，理学集团最为迂腐不堪的表现便是以道论政；在官僚集团的眼里，“道学”成了僞君子的代名词。所有这些对理学家士大夫的批评指责其实都集中在一点：理学家所谓的“内圣”或“道德”，离“平治天下”的政治事业之差距犹如霄壤。
结论，在职业官僚群体看来，内圣与外王或者道德与政治乃是一可以分离的两端存在。衹是关于这一点，余先生并未深入探讨。
诸如此类学术质疑太多了，余英时每一项研究都曾碰到，大家会觉得他有错误、有讲不清楚、还有许多根本没想到的地方。而这些质疑，当然也推动了他研究的进展。这是正常的，与政治或立场并无太大关系，只是史学上的商榷。余先生的说法也就是学界之一说而已，未必即是权威或定论，仍有太多可深入讨论的空间。
但近年情况颇有不同，学术上与余先生交流攻错者少了，依草附木者、盲目推崇者却是越来越多。
依草附木者多，是因余英时的门生故旧人多、势力大，所带动的声势。对他的颂扬和奖励越来越多，当然也导致不少人批评他是学阀。
盲目推崇者多，是由他政治态度所带来的想象。因他明确反共，不回大陆，内地遂有许多人想象他是自由主义的盟主。
可是台湾则早有人指责他是威权的护法。如《亡国之祸尽在司法！》（卢建荣、张友骅作，新高地文化事业有限公司，副标题: 难道余英时许倬云不能讨论？）《余英时与台湾学术贵族制四十年》（卢建荣，新高地文化）等批评他的专著即是。原在中央研究院史语所任职的卢建荣，炮火尤其猛烈。其批评，用他自己的概括，主要论点是：
威严台湾时期(蒋经国当政之时)海内外共仰的余英时大师，一旦揭开其风华绝代的外表，所呈现的内里一样精采非凡：
一、 娶国民党校园特务大档头的女儿为妻。
二、 攀附海外院士头头为其博士生并获学位，最后荣膺“少年院士”纪录保持人。
三、 夤缘美国汉学界皇帝，并附和其中国观，故尔得入哈佛教书。
四、 台风天翻越管制中的北宜公路赶着去给独裁者蒋经国摸头。
五、 凡有反对他的人，就师法独裁者伎俩，令彼辈前赴他驻锡的福华饭店受他招安。
六、 表面自由主义，骨子里彻头彻尾专制、独裁、警备总部那一套。
七、 破坏国家抡才制度，紊乱学术社群人伦秩序。
余大师择徒不精、课徒不严还是小事。台湾文科的有心人士皆知奔赴余门乃现代登龙术，凡入其门者等于买了院士俱乐部的入门券，就等着当院士。余英时对摧毁台湾垂直社会流动，与有大功焉。君不见已有王汎森、黄进兴当了院士，之后排班候选院士者计有陈弱水、林富士，以及李建民。
攀附海外院士头头为其博士生并获学位，指他与杨联升的关系；夤缘美国汉学界皇帝，并附和其中国观，指他与费正清的关系。针对这两点，余英时新近出版的《余英时回忆录》中对其哈佛生涯有详细的描述，其实就是委婉自辩，希望能洗刷台湾一些人长久的质疑。不过，洗不洗得清，见仁见智。
娶国民党校园特务大档头的女儿为妻，则是指陈雪屏。陈雪屏历任燕京大学教授、系主任、北大训导长，国民党中央青年部长，教育部政务次长、代部长等职。到台湾后，1949年出任台湾省教育厅长、考选部长、行政院秘书长、行政院研考会主委、国建会副主委、主委、国策顾问，总统府资政。着有《谣言的心理》（商务印书馆，1939年，是我国在这领域最早的一本）等书。
其子女也很厉害。儿子陈棠为台湾土地银行董事长，女陈淑平，女婿就是余英时。
由于陈雪屏一直位高权重，故在共产党前后公布两批战犯名单中，陈雪屏位居第54位，比胡适还靠前一位。
而在知识人圈子中，陈的形象也较特殊。所以1948年底，陈寅恪曾对弟子邓广铭说：“前许多天，陈雪屏曾专机来接我。他是国民党的官僚，坐的是国民党的飞机，我绝不跟他走！现在跟胡先生（指胡适）一起走，我心安理得。”
陈雪屏在台湾政界教育界之地位如此，余英时之所以能在台湾风生水起，不难理解。卢建荣批评余英时靠裙带关系走红，应该也非空穴来风。
而最可玩味的，是他们翁婿相得，情感融洽，有共同的艺文爱好。这种契合，实更胜于余氏跟钱穆、杨联陞的关系。余的学问路数，事实上也更近于陈雪屏，善于“测人心术”，论朱熹、方以智、戴震、章学诚、陈寅恪等无不如此。这是心理学家老岳父的本领，钱穆、杨联陞，焉有此技？
2011年新高地出版社《余英时先生与我的一段公案及其后果》则有专号如下：
序：余英时抓抄标竿不敌台湾知识仿冒文化惯习／本社
余大师英时先生与我一段公案／张友骅
一代学棍－－中研院士选举的幕后操纵者／余济之访问并记录，张友骅校注
原来大师爱说谎／卢建荣
难道余英时三个字不可讨论？！（张友骅）
余英时外科阉割术（张友骅）
以公心评余英时的史学研究（卢建荣）
台湾1975-1988：捍卫威权体制下的制作大师（卢建荣）
扛着士志于道的大旗 背离独立知识人传统的打造－－记余英时二三事（卢建荣）
二论余英时的“外科阉割术”？！／张友骅
果然余英时、许倬云不能讨论？！／张友骅
史上卖相最夯论文集及其所需偿付社会代价－－对余英时史学降半旗／卢建荣
狐乎？虎乎？：不见大器征兆的余英时博论／卢建荣
抢错舞台搞错表演－－记台湾八Ｏ年代余英时一场越界豪奢表演／卢建荣
与学霸交易－－余英时生涯首部专书营求美职搜秘／卢建荣
余英时和《时报》学媒合谋复制论文集大卖经验再议－－再见商人心机／卢建荣
余英时伙同联经公司复制论文集大卖经验三议－－又见商人心机／卢建荣
打余首役为邢义田所为考／房君铭
追星族余英时神话陈寅恪晚年作为译码／卢建荣
余英时开训 却张冠李戴／卢建荣
余英时翻天覆地重复使用资料背后心曲 －－四见商人心机／卢建荣
看这些文章篇目，也许你会以为仅是卢建荣、张友骅少数人在批评余英时，其实不然，像蔡锦昌《活在知识中的人——知识分子新论》（台湾大学社会学研究所博士论文）中也感慨余英时“甚且已变成一个横跨学界与政界的学阀和文化明星”，其他腹诽者则甚多。
这种批评往往还结合着时事，例如2012年11月29日便有一篇《余英时大师，还是先搞好学术自由吧！》：
最近台湾最火热的议题，莫过于壹传媒(拥有苹果日报、壹周刊、壹电视等传媒)出售的事了。
本来买家只有台塑王家与辜仲谅，收购过程虽有部分学者们认为不妥，但还引不起大众的“团结”。直到旺中集团出现在收购名单中后，这一切才开始又热闹起来。
为何旺中会令台湾人如此敏感？请看余英时从国外来鸿的文字吧。他说：“通过台商收购媒体，在台湾进行全面瓦解人心的活动，已经达到了明目张胆的地步，奋起抵抗，此其时矣。”(转载自20121127新头壳与自由时报之报导)这段文字已经说明了一切，即：在台湾人眼中，旺中乃“中资”也！若让有“中国”色彩的媒体进驻台湾，台湾还有新闻自由吗？
于是，表面上看起来，目前台湾的反媒体垄断是为了争取新闻自由，实际上却带有浓厚的国族主义味道。若非旺中突然加入收购行列，恐怕人民对新闻自由之有无，是比较没有那么在意的。
我们姑且不谈苹果在与旺中集团开战后，就立刻脱手，然后旺中也恰在这个时机加入收购的行列，一切纯属“巧合”的疑虑好了，重点是，反垄断、争自由的人，应该是余英时吗？
卢建荣教授最近出版了《余英时与台湾学术贵族制四十年》一书，内中就记录了余大师是如何打着自由主义者的名号，却在专制的小蒋时代，称霸国民党经营的两大报副刊之传奇。以及，他又是如何拉拔自己的子弟兵们进入学术要津，渐次取得人文学科的霸权，打压异议人士，垄断学术资源的种种祕辛，令人瞠目结舌。无怪乎在民国70年代，张友骅先生会愤而写出“一代学阀余英时”这样的文章了。
当然，余大师是否为学阀，这是见仁见智的问题。但在那肃杀的时代，所谓自由人士如雷震、殷海光、李敖等人纷纷入狱或遭政治当局打压之时，他老兄却能在两大报叱咤风云，却也是铁一般的事实。并且，现今历史学界的掌权派，多半与他有师生情谊，这也是真确的。如今，这样的人，要来反媒体垄断，来高呼新闻自由，岂不讽剌吗？他老兄所熟悉的台湾学术界都不自由了(至少人文科学界如此)，却还管到他专业以外的事，岂不过乎？
余大师，真的为自由的话，还是先将您所培植（不管无意或有意）的主流势力，退出历史学界吧！如此，则自由幸甚矣！！
面对这种呼吁，余先生的自由主义招牌显然就该擦得更亮些，不能只反中，而更应反对一切不义。
其次，他学问上的一些缺漏，既遭质疑，也应该如他早年不断修订、补充其《方以智晚节考》那样，“旧学商量加邃密”，好好沉潜下来修订答疑才是。人老了，戒之在得。可是所得有实有虚，学问实才是真的、名声则是虚的。德不配位，更非好事。依草附木者与盲目追捧者的掌声，有什么可迷恋的呢？
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