1947年10月学校第一次复校。1949年9月复称北京协和医学院。1953年学校停止招生。1951年改名中国协和医学院。1957年并入中国医学科学院。1959年在原协和医学院的基础上成立了8年制的中国医科大学。1970年,文化大革命期间,学校停办