台儿庄血战后，蒋希望龙云能再派一个军上前线。龙云答应后让孙渡为军长，率新编成的第58军开赴前线。但是第58军出征后，孙渡就产生了脱离滇军的念头。为了控制卢汉和孙渡，龙云又从第58军和60军各抽出一个师，编为新3军。
此后滇军部队参加了武汉会战、南昌会战、第一次长沙会战等等战役，直到云南形势告急，蒋只允许60军返回云南编为滇南作战军。
抗战八年，滇军在外征战官兵累计达20万人，另有25万人应征国军其他部队，可谓为抗战流尽了血。但是抗战胜利后，蒋依旧打着云南的主意，于是命卢汉率第60军与滇军新编成的第93军赴越南接受驻越日军的受降，龙云不知是计便答应了。之后昆明的中央军杜聿明部趁机发动政变，强迫龙云下台。
此后滇军第58军和新3军先后被陈诚和薛岳军事集团吞并，仅剩的第60军和第93军则被海运到千里之外的东北地区，打算借人民解放军之手将这些地方杂牌部队完全消灭。
辽沈战役中，第93军被全歼，第60军于长春起义被改编为解放军第50军。至此，滇军完全退出了历史舞台。而50军在之后的抗美援朝战争中全歼了英军皇家坦克营，攻进汉城。后来又在汉江北岸血战美军和李承晚部队的疯狂反扑达50多个日日夜夜，受到了志愿军总部的通令嘉奖，也是一支英雄部队。
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