1946年抗战结束后黄萃庭即回到北平工作,就职于原北平中和医院,解放后该院先后改名为中央人民医院、北京医科大学人民医院、北京大学人民医院。黄萃庭教授扎根于人民医院,历任外科副主任、副教授、教授、医院副院长、院长等职。