郭汝瑰虽为中共在内战中的胜利做出巨大贡献，但是中国人民解放军在1955年实行军衔制时未授予其军衔，他为中共所做出的贡献不为人知。郭汝瑰恢复中共党籍的要求也被拒绝。
1950年6月，第二十二兵团被整编，郭汝瑰调任川南行署委员兼交通厅厅长。1951年1月，调解放军南京军事学院（院长刘伯承），任合同战术教员。并任军事史料研究处副处长、研究员。1957年，南京军事学院一位投降留用军官“坦白”自己是“国民党特务”，郭汝瑰则是国民党潜伏特务组长；郭汝瑰随即被逮捕，后因董必武等人出面而被“平反”[15]。郭汝瑰在反右斗争中由南京军事学院定为右派，但随即被中央军委以“情节轻微，不作右派处理”。文革时也被批斗。1970年南京军事学院撤销编制，郭汝瑰回到重庆巴县及重庆北碚定居[18]。
1979年4月中共中央组织部让他“重新入党”[。郭汝瑰在1988年中国人民解放军重新实行军衔制时已退出现役，未重新授予军衔，担任过黄埔军校同学会副会长，是全国政协第四，五，六，七届委员，1985年明确“享受副兵团级待遇”。郭汝瑰1997年10月23日死于北京
