1937年7月,抗日战争爆发,日寇重兵压境,淞沪战场炮火连天。11月上海沦陷,江南造船所为日军占领,随后被移交给日本海军,委托三菱重工管理,改名为“三菱重工株式会社江南造船所”,被迫为日军建造和修理大量小型舰艇。此后8年,江南厂陷入苦难的深渊。由于江南的军工能力非同一般,日军把它纳入直接控制和管理之内,连汪伪势力都不得插手。一直到日本投降后国民党统治时期,始终未能恢复以往的生气。
1945年8月,国民党海军总司令部接管江南造船所。1949年,上海解放前夕,国民党败退台湾时进行了大破坏,国民党海军总司令桂永清亲自坐镇,将江南大量设备器材运往台湾,上海地下党组织发动工人群众开展护厂、护校、反搬迁、反破坏斗争。国民党下令把江南全部爆破炸毁,厂区满目疮痍,破败不堪。作为中国产业工人的发祥地,江南再次成为中国共产党与国民党反动统治正面交锋的惊心动魄之地。