他来到天津后,已从后党御史杨崇伊那里得知慈禧即将上台的情报,惧怕谭嗣同劝其出兵围攻慈禧太后一事暴露,牵连自己,遂向荣禄告密,使慈禧得知维新派的阴谋,加重了政变的后果。所以在戊戌政变起初,慈禧太后只是斥责康有为“莠言乱政”,停职待参,并未言及谭嗣同等人;而袁世凯告密导致的结果便是慈禧下令逮捕康梁诸人,并诛杀谭嗣同等戊戌六君子,囚禁光绪帝于瀛台。事实上,袁世凯并不支持维新派的激进之举,也深知用新建陆军来“围园劫太后”无异于以卵击石,而且是大逆不道之罪,他的告密完全是出于权衡局势下的自保之举。此事亦成为袁世凯的一大负担,他不得不写《戊戌纪略》(戊戌日记)来为自己辩解。
袁世凯由于告密获得了后党的信任,地位扶摇直上。1899年冬,袁世凯由工部侍郎升任山东巡抚,这是40岁的袁世凯首次出任封疆大吏。在此前后,他的新建陆军也从天津小站调往山东境内布防,使其躲过了后来的八国联军入侵,得以迅速扩大,成为袁世凯最具实力的政治资本。