1640年代以後,臺灣殖民地的行政支出不斷地暴漲,收入也逐漸從轉口貿易轉移到本地稅收[11]。為此,荷蘭人開始新增各種稅收,加上1650年後許多農民賴以維生的甘蔗業開始衰退,漢人對於荷蘭人的統治越來越不滿,引爆了郭懷一事件。事件平息之後,荷蘭人並沒有更改整個殖民地的結構,依然以剝削漢人勞力為經濟發展基礎[12]。然而鄭成功崛起於福建沿海,為荷蘭人創建的荷漢殖民地帶來新的變數,鄭成功於1661年進攻臺灣,翌年荷蘭人為其所擊敗,退出臺灣。