问一个专利问题

我是一名土木工程师，利用闲暇时间做了一个专业上的软件,于是想申请专利保护我的软件。 一个有过申请专利的朋友说尽管是我私下自己写的(公司完全不知晓)，但专利报上去还是会有公司的名字，就像在大学写论文一样，第一作者是你的，版权却是学校的，你不能以此将产生的盈利完全拥有。我本身想把软件以license的形式卖给其他公司和本公司。请问是否我只有辞去职位成立自己的公司，或者转到其他不相关的行业(比如IT)，才能以自己的名义去卖这个软件。即使如此，现在的公司是否也能有理由要求某百分比的产权。请老猫先生和有过相似经验的朋友分享一下自己的经历。非常欢迎任何想法和意见。先谢过。