灵魂当然可塑啦，没听说过“灵魂得到了升华“的说法么：）

另外一个问题俺回答不了，只能随便说说。

现在比较公认的观点：记忆（一部分data）存储在一些比较恒久的神经电路( neural circuits）里；外界信息（另一部分data）从外感受器传到大脑里，被立即处理或存储；思考和判断是特定神经电路组合激活的过程，这也许是你说的程序？这个激活的路线好像是由大脑硬件决定的。

神经电路是在不断变化重组之中，特别是那些不涉及长久记忆的神经电路。