我来试着回答一下吧

箱根镰仓各一天、如果想在东京购物、呆一天逛逛街也行、
接下来两天楼上那位介绍的立山连峰是个不错的选择、那里秋天景色最好、5、6月次之; 或者到大妈猪说的妻笼宿、高山市(有小京都之称)、岐阜县与富山县交界的世界遗产合掌村等地看看、不过这样的话战线拖得稍微有点长
如果想多感受一下日本的历史文化、京都奈良需要两天（我个人觉得还是有必要在那儿呆两天的)
七天走马观花一下够了、当然不可能做深度游。
jr pass应该是个比较经济实惠的交通手段吧、对不起这个我也不是特别清楚、因为我们一般是开车出去旅游的。
一宿两餐的到处都是啊、不过要注意日本很多旅馆是按人头算而不是按房间算。
不知道说明白没有?