来日本的探亲签证，申请的签证期间可以超过身元保证人的在留期限吗？

问个问题啊，
我的签证期限到4月21号，我妈去申请探亲签证时的预定滞在期间可以是3/20-6/12吗？也就是说离开日本的时间可以在我的签证期限之后吗？

我刚刚提交签证延期的申请，3周后才下来。
现状如此，结果我妈的签证申请在那个签证代办机构（必须通过这个代办机构向日本领事馆提交签证申请）被拒。
要我妈必须把预定滞在期间改称到4月20日（在我的签证期限之内）否则不受理。
必须的。
我好费解，这个预定期限这么重要？