个人经验来说，不会。

我也有过签证只剩4天的情况下从国内回来，同时护照也只剩不到3个月，从香港到日本（从福冈入境，估计本来就比东京要放得松）都有受到比较善意的询问，提示我要小心“过期就是非法滞在”；当时跟你的情况有点相同，但是不同之处在于：我出示了香港-福冈的往返机票，表示如果有问题我会在有效期内返回再等待办理签证更新，入境很轻松就过了；当然后面就有点侥幸了，更新资料和手续都还算按部就班。

不过，不到万不得已（我那是粗心大意犯的）还是不要把自己逼得这么被动的好。