注销户口后,其实并不影响房产证的产权人。但是产权人国籍变化并失去户口,处于保护自己的利益,因该做产权登记变更(你已经没有法律上的中文名字了),这时就要看这个房子是否允许由外籍人拥有,国内还是有内销房和外销房之分。另外如果今后有房产方面的事宜,房产证是关键,户口作用有限。
补交差额的可能性不大,依你所说十几年前的公房,很可能已经没有原单位的主管部门了,应该是都规到地方了,也就是说可能已经公房商品化了。
为了保险,可以考虑过户给国内可靠的人(比如父母或兄弟姐妹,或者是你的配偶,如果他/她仍然保持中国护照)。