请教关于J-1waiver应该向哪国大使馆申请的问题(详情请见内)。

我是J-1 POSTDOC，准备申请WAIVER。
我的PHD是在日本拿的。然后，直接从日本来的美国。
经查阅有关资料，及驻美日本大使馆网站得知，我可以通过日本大使馆申请，（由于相对于中国大使馆，手续简单而且节省时间）。
请问：
1 我应该通过哪国大使馆申请。
2 如果我通过日本大使馆申请，我想一年后转H-1，估计不会有影响。不知道将来申请绿卡时，会不会有什么说法。

多谢