至于国内户口是否注销，我估计跟这里的申请回乡证

没有必然的联系。
原先我只是觉得anbrasia的case有点蹊跷，猜测了一下，以为是否国内和这里联手，要push那些新移民注销国内户口。现在看来不是。
如果你已经是香港居民，还“有幸”保留了国内户口，办理回乡证应该没有问题。