据我所知

申请永久居民由香港移民局审核，和大陆没什么关系，不需要取消在国内的身份。但是，如果想拿回乡证，就得向中方提供户籍注销证明。
又：你可以同时拥有中国护照和香港永久居民身份，但如想改持香港护照，就必须使用回乡证回国。