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在学校持H1b签证工作半年多了， 最近拿到公司的offer， 如果申请公司的H1b还需要摇号吗？

-Yes.

一定要等到明年10月1日才能上班吗？

-Read this link carefully:

http://www.murthy.com/2013/01/14/moving-from-cap-exempt-to-cap-subject-h1b/

会不会因为在学校工作的时间不到一年而被check或拒签？

-Irrelevant.