K3来了之后也是要申请工作许可的。你的问题是既然你有在美国长期

居住的打算，就不应该再用B签证入境(尽管B签证还有效也是一样)，否则就会被认为是欺骗。因为使用B签证入境的意思就是你向美国海关声明你并不打算在美国久呆。如果你在用B签证进来时被问到，你回答是说是来陪在美国工作的劳工的话，当时就会被拒绝入境，B签证也会被注销。
你现在的情况是应该尽快回去，等拿到H1签证后再入境。如果万一学校因为等得时间太久不能给你这个offer了，你也可以改成申请K3，K3也是十年多次入境，但与B签证不同的是不限制入境后的停留时间。