美国出生的孩子拿旅行证回中国是一个标准流程，没什么好疑问的

还想的出来“在入境中国时她的美国护照盖过章”，估计你没有使用过旅行证都在脑补。出入中国都是用旅行证，中国海关不会也不同意在你的美国护照上盖章的。仔细想想就知道，这是一个基本的原则问题，马虎不得的，除非关员脑子昏了盖错了。