新冠病毒藉由 S 蛋白上的 RBD 區域與宿主細胞上的血管收縮素轉化酶 2（Angiotensin-converting enzyme 2，ACE2）結合， 結合後 S1 次單元會從病毒表面脫落，使 S2 次單元暴露出來並與宿主細胞膜融合。病毒與 ACE2 結合並進入宿主細胞的過程，還需要仰賴兩個重要的蛋白酶才可以完成，弗林蛋白酶 (Furin)和 TMPRSS2 蛋白酶，此兩種蛋白酶可分別在 S 蛋白的 S1/S2 和 S2' 位點進行切割，促進 S 蛋白活化。弗林蛋白酶切割 S1/S2 位點可能導致病毒 S 蛋白的 RBD 區域 和/或 S2 次單元發生結構改變。TMPRSS2 蛋白酶切割 S2' 位點，被認為能夠促使病毒殼體宿主細胞融合 [5, 6]。
蛋白酶切割過程中， RBD 區域的暴露會使 S1 次單元成為不穩定的結構，因此病毒與宿主細胞結合過程中，S1 次單元會在兩種不同的結構之間進行轉換，稱為向上和向下結構。 向下結構會使得 RBD 區域隱沒，而向上結構雖會使 RBD 區域暴露出來，但也會暫時使得 S1 次單元處於結構不穩定的狀態 [7, 8, 9]。 在三聚體 S 蛋白的三個 RBD 中，只會有一個 RBD 的結構是處於可與 ACE2 宿主細胞受體結合的狀態 [10]。
