赤柬真正的领导人是波尔布特，不是乔森潘（后者只是挂名的）后来乔发动政变监禁和公审了波尔布特并向政府投降

1967年4月，乔森潘被当政的朗诺指控为红色高棉成员，在全国遭到通缉，在此情况下乔被迫接受红色高棉的帮助，逃出金边，进入丛林，不久与符宁、胡荣等人一同加入红色高棉，此三人称为红色高棉的三大知识分子。1970年3月18日，朗诺发动政变，推翻了西哈努克亲王领导的柬埔寨王国政府。红色高棉遂与西哈努克结成同盟，共同反对美国支持的朗诺政权，成立“柬埔寨王国民族团结政府”，乔森潘在该政府内任副首相兼国防部长，高棉民族解放武装部队总司令（实际指挥者是柬埔寨共产党总书记波尔布特）。一年后，成为柬埔寨共产党候补中央委员。

1975年，红色高棉推翻了朗诺政权，建立了民主柬埔寨政权，乔森潘于次年4月4日短暂出任政府总理，4月11日又就任国家主席团主席^[1]，成为名义上的国家元首。1976年1月当选柬埔寨共产党中央委员。1979年，越南入侵柬埔寨，红色高棉政权被推翻，乔森潘逃亡丛林地区，波尔布特同年辞去总理职务后，乔森潘出任抗越的民主柬埔寨联合政府负责外交事务的副总理，并作为红色高棉的“爱国民主民族大团结阵线”主席，与西哈努克和宋先在1982年组成民主柬埔寨联合政府，坚持武装斗争，乔森潘任负责外交事务的副主席。

1985年，乔森潘在名义上取代波尔布特，出任党总书记，成为红色高棉最高领导人。1991年，柬埔寨内战各方签订《巴黎和平协议》。此后，乔森潘主张红色高棉放下武器，参加1993年大选，成为合法政党，但是在波尔布特一派的坚决反对下未果。其后，乔森潘与农谢、塔莫克等人共同组成了九人委员会，夺取了波尔布特的军权，并在1997年7月25日对其进行了公审。1998年12月，乔森潘和农谢宣布向柬埔寨政府投降，正式结束了红色高棉的武装斗争。