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2019年12月26日,呼吸与重症医学科医生张继先首次发现此不明原因肺炎,并怀疑该病属传染病[71]。12月27日,广州微远基因从武汉中心医院提供的病人样本中首次发现存在新冠状病毒,于28、29日前往武汉亲自向医院、疾控中心汇报分析结果[72]。12月30日,武汉市卫生健康委员会医政医管处发布两份文件以下达救治措施[注 8],该文件于晚间在网上广传。12月31日,武汉市疾控中心向传媒证实文件属实,并发布情况通报[注 9],开始向公众通报病例,指正在查证是何种肺炎[73]。2020年1月3日,国家卫健委办公厅发布通知,要求任何机构不得擅自对外发布有关病原检测信息或实验活动结果[72]。1月5日凌晨,复旦大学上海公共卫生临床中心张永振团队从武汉中心医院提供样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒,获得病毒全基因组序列,于当日向上海市卫健委和国家卫健委报告[72]。1月6日,中国疾病预防控制中心内部启动二级应急响应[72],1月15日转为一级应急响应[74]。1月7日,中共中央总书记习近平在中共中央政治局常委会上提及了武汉的肺炎疫情[75][76]。