日本基督教的传教历史可以追溯到1549年,第一个宣教团的先驱领袖是耶稣会的葡萄牙传教士方济. 沙勿略。织田信长将军欢迎基督教的来临,丰臣秀吉则先是欢迎,后又反对,而德川家康则几乎把基督教赶出了日本。在这样的背景下,基督教先是获得了奇迹般的发展,到了1582年,基督徒就大约有15万人。但在丰臣秀吉时代的1597年,他开始迫害基督徒,并发生了长崎26殉道案。到了德川家康,对基督教的迫害日益严重。1596年,在日本有137名传教士,660神学生和传教员,30万基督徒,10个基督徒大名。1612-1614年可以被看做是大逼迫的开端,1614年德康发布禁教令,当时的信徒大约有40万之多(初略估计30-50万,日本总人口2000万,2%左右)。到了1651年,至少有记载的殉道者就达到4045个。在1639年,日本颁布了最后的禁教令,并闭关锁国,切断了与葡萄牙的所有商业和宗教联系。这不仅标志着葡萄牙人对日本95年的影响力,也标志着日本基督教世纪的彻底终结。在1638年,只剩下5个神父在地下活动,他们最后也都不是殉道就是背教,多年殉道的信徒数字没有清晰的统计,估计至少数千人(在1637-1638 年的岛原之乱(Shimabara Rebellion)中,约 37,000 名叛军和平民被杀,其中许多人是基督徒或基督徒支持者。)至此,日本留存的信徒成了沉默的地下基督徒,一直持续了近200年。
1863年,天主教神父再次进入长崎,结果惊奇的发现有数千隐藏的基督徒。后来发现有3万左右的准信徒,不过只有1万多人公开加入了天主教。1853年,新教传教士也来到日本(第一个是中国人传教士卫三畏)。从1890-1900年间,基督教有个迅速增长时期,1900年,日本4483万人,其中基督教信徒43万人(1%),而佛教徒是3566万。即使到了2000年,日本人口已经达1.22亿,但她的佛教徒有7000万、神道教400万、新宗教3300万,基督徒只有460万,占人口的3.6%。
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