我们一般熟悉的卢梭，是个善道政治和教育的卢梭，其实更有一位自己深为忏悔的卢梭！我们在早前曾经看过，卢梭晚年，是有正信宗教实之于己的人，而他鼓吹的自然教育，不可或缺的一课，係自然宗教；他主张的民主政治，有待普遍意志予以实现，而普遍意志需要公民宗教的涵养。我们一般所了解的卢梭，多是他的政治和教育的哲学，但探深一层，他哲学体系的底子，有公民宗教和自然宗教，他以自然宗教的人格教育，和公民宗教的政治民主，乃为社会健全及国家强盛的潜在力量。因此《民约论》最后谈到公民宗教，《爱弥儿》专有一卷说自然宗教，《忏悔录》全书则呈示一悔改的宗教，三本书各涉及一种的宗教。不过卢梭本人这个认罪完成救赎的宗教，他不以为就是政治中的公民宗教和教育中的自然宗教，那些只不过属无需要启示神学，由人类理性和生活经验，习得的精神性觉悟或准宗教情操，和他自己本人的改革宗信仰与切身的灵性经历，未即划上等号。换言之卢梭把终极关怀的宗教留给自己，在社会国家的层面，教育和政治的现实关怀，所需的是另一类似宗教的东西，撮要引俗，权变中维持常道。这与孔子传承之礼教竟现惊人的相像，在他自身，有践证天、命、仁的真宗教信仰之体，在社会与国家，则有文教、政教之用。启蒙思想家卢梭他现代化的教育与政治，面对的是世俗大众，所提倡的自然宗教与公民宗教仅属人文性质，这安排无疑是一种非常温和的政教分离。民生政治是现实，不能事事从上而下，行动方式与宗教应有别。然政、教虽分，不当有隔，具有宗教意义的人文性宗教，仍直接作为教育与政治的精神源泉。至于纯正之教，退藏于密，更完美保留于深邃的灵魂里，在教会生活与信徒身上予以实现。
卢梭中年以后，嚮往加尔文设计的日内瓦政体。日内瓦早期一直受主教控制，1536年经市民大会民主表决建政，成为共和制独立自主的国家，同年加尔文出版《基督宗教要义》，宗教改革遂蓆捲欧洲。日内瓦共和国，国小民强，底气十足。有一年敌军漏夜偷袭，先遣二百人成功翻墙入城，守军发现已迟，靠教堂钟声齐鸣，市民惊醒，包括妇孺未脱睡衣便奋不顾身加入抵抗，一举杀敌数十人，馀者落荒而逃，市民牺牲者仅十几。其时有妇人情急起来，把一大锅热汤抛出窗外，当场砸死了个敌兵，传为佳话。现在瑞士日内瓦州每年都举行登城节庆祝，用巧克立仿制铁锅，装满糖果，由户中最长和最幼者同主持，把锅敲碎，齐喊「共和国之敌完蛋了」！「共和」republic出自拉丁文res publica，本义共同之事，指共襄之事业，有事大家一起来，不光靠哪位老大。日内瓦议会因接纳加尔文建议，经小议会、双百议会、大议会的层层审议，通过教会法规立宪，教徒直选长老治会，长老聘任牧师牧会及主礼，教师教导，执事理事，由会友到圣职，各尽其责。教会此一民主原则，同时应用到政务治理，当卢梭回到祖国，看到欣欣向荣的民主共和，与他前廿卅年间在国外经验到的专制极权独裁腐败的政治完全不同，认为这是最为理想的政治典范。即使后来恩格斯也称誉，加尔文主义的共和与民主，是那时代勇敢者的要求。
日内瓦民主选举、议政的共和，彻底告别君主政体。不过这主权在民的民主，另一面是主权在神的共和，成为神权共和，教权与政权透过一宗教伦理的威权体制实行管治。虽说民主，但宗教式民主，难免令一般公民自发的生活空间受掣肘；所谓的共和，乃共和化天国，结果会把不同信仰者甚至同一信仰但见解不同者排斥于外。日内瓦的民主共和，实质为神权政治：民意民选，因人人上帝面前平等；大家共和协作，因主权在上帝。这仍旧是政教合一，政府与教会虽分，然而未离，分出二套权力管理，却未有足够间距显示别离，很容易又变政教不分，以教代政，结果或令某些不合教旨教规的异见者，无法民主参政、共和协作。最讽刺的是，卢梭本人即身受其苦，只稍因表达思想的方式不尽同，便无法见容于其同一信仰的主内弟兄。政教合一有二典型，一是教权政权同体，宗教管辖范围，即全部或大部分行政管辖范围，亦即神权政治，以色列人出埃及的摩西时代为其例，立国以后，国王与祭司遂分成两个权辖系统，不再属此典型。二是教权与政权互不隶属的典型，各自体现主权，各有管辖范围，但政权及其管治的认受性，必须经教权认可，此亦即十一至十七世纪天主教会跟欧洲大小王国的关係。日内瓦未忘神权政治，虽添加一道民主共和制度的屏蔽，政教分治，但具体运作，常把圣俗两种事混同，没做好应当有的仳别相离。故人说日内瓦共和国是新教的罗马，加尔文乃教皇，然这比较又不类。加尔文移居日内瓦非由自请，而是路经该地投宿一晚时朋友挽留，要他帮助教会。他为服侍上帝留下，不在乎名份，先当reader即诵经员（或译司祷），实际工作只负责解经，后改称牧师，但未经按立，通常是主持施洗、婚礼、讲道，此外人若有灵性或神学问题请教，便予解答。他在教中并无特权，政治上更是完全无权无势，有廿三年之久他未入籍，连公民权也没有。执政委员会指示他圣餐要使用无酵饼，他认为这事须先经教会议会定夺，结果被逐出境，但因缺乏足够伦理和宗教指引，这座原本是欧洲著名的罪恶之邑，两年后又把他邀请回来。所以当时政教二分确实不假，但虽分却未离，政教间千丝万缕，混淆政教事常有。加尔文首当其冲，碰上俗政犯教；二百年后典型的例子又一桩，便是卢梭身受，执政者假圣教扰俗。
政教分离，是相对于政教合一而言，要到卢梭之后才出现。政教分离就是否定以上两种政教全部、局部甚至在最后根本上的依附关係，这似乎是加尔文和卢梭那时代还没有充份意识到的事情。日内瓦有民主有共和有宗教，此为加尔文终身奉献获得的成就，也是卢梭心仪的理想国。如果看加尔文的言行，「该撒（凯撒皇帝）的物当归给该撒，上帝的物当归给上帝」，政、教乃两种原则和操作，是非常明白的。他讲「上帝的主权」，一概是神学和灵性意义的，在他本人非作政治理论或实践。当日内瓦全民选择皈依改革宗，政与教管辖范围自然多所重迭，政教虽分实合产生的问题，每因具相同信念较好互谅互让克服，根本困难一时不易发现。卢梭虽讚赏日内瓦政教的和谐，但他大半生在法国，那里不是单一信仰，公教虽主流，然在内还有杨森派逆流，在外另有追随加尔文的预格诺派Huguenot、无神论者等等，当他考虑要有一个团结的国家，所需要的首先就不该是强势独大的一教，而是能为不同信仰者接受的公民宗教。其重要的教条，当是宗教宽容，人人宗教自由，不受政府左右。培养这种宗教情操，得力于自然教育的自然宗教，离开社会各样政教权力的支配。他对于政教分而不离固无辨析，也没「政教分离」这说法，但却有一种人文教养的政治构想，显示世俗治道，与神圣真道，二者当别，各有不同的实践。
学者一般都同意，清楚规定政教分离的原则，始自1791年美国宪法修正案，其开宗明义指出：国会不得立法设立宗教，或妨碍行使宗教自由。这是由改教算起约三百年后，或清教徒移民北美追求宗教自由历二百年，跌跌撞撞实验的成果。条文虽无明言「政教分离」，考立法原意，确是要在国家、教会中间设分离之牆，上一句讲政府不得偏袒宗教，下一句讲政府不可限制任何有关宗教的实践自由，目的为防止以政干教，至于以教干政的问题则无说，然在政教对等的分离原则下，不言而喻。美国立国之父们特别把「政教分离」用宪法方式确定下来，实为理解现代化国家的一把重要钥匙。美国历史概认为，她共和政体精神和市场经济动力中，清教徒天职的进取伦理信念之祖，是加尔文；自由、人权、民主的民约宪政之父，乃为卢梭。政教分离的观念，固未必直接得自这两位日内瓦人，但作为现代国家条件的政治、经济、法制及宗教，所应有的份量和分际如何，多已经二位先贤铺垫了。宪法第一修正案紧接宗教信仰后，还说到出版、集会、示威之自由，从此添加共成十条权利法案，都是为补充这国家的基本大法，保障人民的权利，并限制政府的权利。卢梭做梦也不会想到，如他晚死十三年，他在现代国家的规格下，便可不再负罪，完全自由了！不过他泉下有知，虽死也大概可瞑目，因在他所景仰的牧者和他本人影响下的美国成文宪法，为世之楷模，不仅是二战以后许多国家立宪的范本，更透过对法国大革命思想的推动，促成现代启蒙，肯定不可褫夺的公民权利，和无可剥削的天赋人权，由政治范围不断扩大，进入更广的文化层面，实现着人的解放！
若从宏观角度看加尔文和卢梭，他们虽无政教分离之说，但都以圣俗关係是二不可混同的范畴，各有权责。世俗若自愿接受上帝的主权，加尔文以神学言乐观其成，卢梭则从非宗教方面出发，考虑二者应有别然而非必隔离的可能。他们如读到美国宪法有关政教当分的权力自由条款，笔者相信，自必赞同。当然像对政教分离字面作过度引申，以政教之分便是隔离缘绝，甚至变成敌意之分，独善其身愤世弃俗，或是孤立围堵压制践踏宗教自由，都极不妥当。正因政教分离有歧义，在美国历史脉络之外领会，要获接受便现迟滞。法国到1905年才订立政教分离法，国家中立，宗教自由，国无国教。教宗通谕，多番批评政教分离，直到1965年梵二大公会议，经四载讨论至最后一刻，终通过宪章谓：教会的职责与权限，不与政界相混，不受政体纠缠，她随时是人格卓绝之标志及护持，政与教在各自领域内，独立并自主。
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