我试试：

首先搞清楚这个winver.ini应该放在哪个目录下的。第二、这个软件有没有版本的限制？是不是对应windows不同版本软件版本也不同？第三、可以试一下不要安装在系统盘里，把这个软件安装在98和2000下都能看得到的地方。
你提供的信息还不够充分，还有很多可能。