好像挺复杂的，只能提供一些参考吧：（不好意思）

问题挺多的，好像，呵呵。

首先，因为你提到了SATA硬盘，而且系统装在了sata硬盘上，呵呵，我觉得你问题的最大可能性是因为你在重装windows2003的时候丢失了sata的硬盘驱动。
因此在安装操作系统的时候，需要手动安装驱动程序。必须在寻找SCSI设备时按下F6键，然后插入随SATA卡或者板载SATA RAID提供的驱动程序软盘才可以正常安装SATA驱动程序，再安装操作系统，就可以找到硬盘了。（安装2000或xp是这样的，2003的情况我不清楚，提供参考）。你现在已经安装好了win2003操作系统的情况下，是不是直接可以在操作系统里安装硬盘驱动，我不是很清楚，或者你到驱动网站搜索一下，有没有对应的sata卡驱动。

其次，根据你boot.ini文件里的显示，以及你安装的硬盘的类型，你的硬盘里没有scsi硬盘，也就是说，如过你怀疑“multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)WINDOWS="Windows Server 2003”这里面有错误的话，你应该修改的是 rdisk(0),而不是disk(0)，disk只对scsi硬盘有效。

再就是关于你的系统盘号，即然你能进入操作系统，你可以打开控制面板里->管理工具->计算机管理，里面“存储”管理下的“磁盘管理”可以帮你分辨你的每一个磁盘的编号。
当然如果改错了，‘电脑很生气，后果很严重’，哈哈（因为我没试验过）。不过我相信通过用windows2003光盘启动后（选择修复windows），选择控制台修复的话，应该可以重新修改boot.ini文件，可能要去掉隐藏属性之类的。呵呵，总之可能挺麻烦。