感觉是沟通不到位

沟通不到位，楼主同事有想法是人之常情：生病回来发现一个新人突然变成了自己的上司！不论在什么公司有什么样的同事、换成任何人心里也会不舒服，除非新人非常杰出。楼主估计没有考虑过自己唯一的一个手下的感受，没有好好谈谈做好预防，然后同事就去老板那里去质问去了，平庸老板发现自己的决定带出矛盾，就更平庸地让秘书来缓解矛盾。

另，工作量增加，楼主完全可以顺理成章要求招新人，扩大队伍，而不是自己和同事硬抗，这样容易引起矛盾激化。