我觉得不太复杂。

招你进来就是为了取代你的controller。这一点是你的president和总部共同认识没有太大分歧，至少在表面上。
但是他们出于谨慎需要考察你的能力，主要是是否能够接下controller的职责。
对于你来说现在就是一点，表现出彻底的professional精神。总部让你不要跟controller汇报，那就不汇报。但是完全不用和她发生正面冲突。如果我是你的话可能会小心地搞清楚为何你的controller会被别人赶走。可能公司政治比你想象的要复杂一些。