你的担心有道理，处理起来其实也颇简单。

你们应该回两个mail。第一个全员回复只说收到他的指示并且遵照他的指示正在进行工作。具体会跟他另外联系。
第二个mail单独回复给他指出错误并给出解决办法。

他原来的mail的意图其实也很简单，就是在给你们指示的同时也告诉上级项目进程。

双方都欠考虑。