go option A....

小公司加班很厉害，路上你省出来的时间可能全用在加班上了，在interview的时候你应该知道有没有很多的OT or stay back.

既然你一天要做2个小时的火车，可以在车上看书（laptop,kindle...)，这些时间你可以利用起来的。

大点的公司的经历对你以后的职业发展只有好处，没有坏处，小公司也很锻炼人，但在行业太不起眼，你的resume就很不抢眼球。

你孩子应该不用你操太多的心。

good luck!!