在今天，杰弗逊的黑人比白人低劣这个观点，即使是为他辩护的人也坦承是种族主义的。他们会说：“Yes, he was ALSO a racist。”虽然他们很可能会接着说，在那个时代所有白人都是种族主义者，所以杰弗逊不过是并不例外罢了。但杰弗逊的问题并不在于“他也是”一个随大流的种族主义者，而在于他比较全面地描绘了黑人的所谓种族低劣性，把黑人从一般人类的概念中单列出来，表现出对种族问题非常深入的思考，在相当一些方面开启了种族主义理论的先河。
杰弗逊首先从肤色、毛发、体味、排汗功能、腺体构造甚至呼吸和肺功能等生理特征入手，把黑人描绘成一个和白人在外形、美感、社会接受性和在不同气候条件下的生存能力方面优劣立判的种族。他以白人的肤色和为体格特征为美（深谙欧洲古典文明的美国国父多半接受古希腊雕像中表现的美学观），说即使黑人男子也偏爱白人女子而非他们自己种族的女性。他对黑人的肤色和其整个生理和社会性特征之间的联系做了猜测。其次，他在感性、知性和行为的层次上突出了黑人的所谓动物性，强调他们的麻木、迟钝和颟顸。他举睡眠为例。一方面，黑人对睡眠的需求似乎比白人要少，例如当一天的辛苦劳作结束后，只要向他们提供一点浅薄的娱乐，他们就兴奋到深夜还没有睡意，尽管他们都知道第二天一早就要起身。另一方面，只要他们的身体处于静止状态，他们就很容易进入休眠而非思考。这些都是动物的特征。他们和白人一样勇敢，甚至更能冒险，但那可能是他们不具备预知危险的人类本能，而一遇到危险又很快放弃或屈服。他们的行为更多源于感官而非大脑或心灵。他们的两性关系完全由欲望冲动支配。
总的来说，杰弗逊断言黑人缺乏理性思维、抽象分析、想象力、反省、深思和细腻微妙的情感。但他说黑人对音乐节奏的敏感优越于白人，黑人的记忆力和白人一样强，尽管他们对悲惨事件的记忆非常短暂，容易被转移和淡化。在黑人的社会性方面，他认为黑人有忠诚感和道德感。很多白人说黑人有偷窃癖，他说那完全是因为财产法是为了白人制定的，黑人连人身自由都被剥夺，所以不可能培养也没有义务去遵守相应的道德概念。
杰弗逊从历史学的角度论证了他的观点。他承认黑人的有些所谓低劣性的现象是他们被奴役的境遇造成的，他们在非洲可能并非如此，但认为奴隶制并非最根本的原因。他断言北美奴隶的境遇要好过古希腊和罗马的奴隶，但希腊和罗马的奴隶中出现了很多杰出的人才。北美奴隶人口的数量巨大，如果黑人确实具备和白人平等的心智和思考能力，这样一个人口基数完全能够突破奴隶制的束缚，产生一些能够和希腊罗马奴隶制下那些人才相媲美的黑人才俊。很多黑人其实有多种途径接触西方文化，尤其是那些在开明的主人家受过教育、自己也很努力的黑人，但这些人表现出的心智能力仍然难以让人恭维。杰弗逊那个时代有一些自学成才的奴隶或前奴隶在英国发表或出版了文学作品（这在北美殖民地是不可能的），但杰弗逊说“悲惨境遇往往是诗歌中最能打动人心的词句之源。上帝知道，黑人遭受了足够的苦难，但他们没有产生诗歌。”一个从非洲被贩卖来名叫菲丽丝·惠特莱的女奴1773年在伦敦用英文出版了诗集，成为黑人文化史上的重要事件。对于这样一个艰难困苦玉汝于成的黑人女诗人，杰弗逊缺乏基本的同情，说她的作品不值一评(“below the dignity of criticism”)。
在一定程度上，杰弗逊这一套种族主义观点和新兴的美利坚民族主义意识有关。杰弗逊这个小册子首先是写给欧洲人看的。出于民族主义自尊，也是官方身份使然，杰弗逊必须为他的国家“护短”，为其阴暗面辩护。美国另一个国父本杰明·富兰克林也是如此。富兰克林和奴隶制的关系是只有过个别奴隶作为听差，但作为商人却经营奴隶贸易，收购和囤积奴隶，此外买卖奴隶和追捕逃亡奴隶的告示也是他的《费城纪事报》的广告收入来源。独立战争前当他作为北美殖民地驻英代表时，受到在英国发展起来的废奴主义思潮的影响，在思想上已经逐步转变为废奴派，后来又和宾夕法尼亚州废奴主义的主要推动者贵格教徒建立了联系，不但和奴隶制划清了界限而且加入了废奴运动。但在被质问为什么北美殖民者一方面向英国人要自由另一方面又奴役黑人的问题时，他也用一些和杰弗逊类似的说法告诉他们奴隶制是不得已的，还说其实很多奴隶主很仁慈。
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