2007年10月14日,《星期日泰晤士報》引述了沃森的言論,說黑人先天智力不如白人,所以令他對非洲的前途未敢樂觀。[14]同年10月18日,倫敦的科學博物館(Science Museum),因為沃森的言論臨時取消了他的一場演講,表示他的言論已超過可以容忍的限度;[15]同時冷泉港也中止了他的職務。[16] 沃森隨即表示毫無保留地為他的言論道歉。[17]
2007年沃森发表言论称非洲人种在先天智能上低于白人,引起强烈抗议,其事业也因此每况愈下。沃森最终被迫离开纽约长岛的冷泉港实验室。
此外他還覺得肥胖者「讓人看了感覺很糟,不想雇用他們」;對於所有「相貌不佳的女性」,還有「愚笨的人」,他認為應該以基因工程來治療。