对于中苏关于外蒙古问题的协定,杜魯門給蔣中正打電報說:“我請閣下執行雅爾達協定,但我未曾請閣下做超過該協定之讓步。”指蔣中正拋棄了中國對外蒙的宗主權。王世杰回國稱該條約可保中蘇三十年的和平,于是8月24日立法院在孫科主持下,以95人贊成,4人反對(以起立方式表決)通過《中蘇友好同盟條約》。[12]10月20日外蒙舉行公民投票,中國政府派雷法章前去參觀。雷法章奉蔣中正之命,「不與外蒙當局進行任何交涉」;關于投票,雷法章「只宜細心觀察,但不得干涉或發表任何聲明」。外蒙人民「在政府人員監督之下,以公開之簽字方式表示贊成與否」,[15] 投票結果顯示,100%的公民赞成外蒙古从中国独立出去。聯合國所派之觀察員承認此次投票。[來源請求]1946年1月5日,中华民国承认蒙古人民共和國独立。国民政府公告说:[16]
国民政府发表公告承认外蒙独立(1946年1日5日)
(中央社重庆五日电)国府于一月五日发表承认外蒙独立之公告如下:外蒙古人民于民国卅四年十月廿日举行公民投票,中央曾派内政部次长雷法章前往观察,近据外蒙古投票事务人员之报告,公民投票结果,已证实外蒙古人民赞成独立,兹照国防会最高委员会之审议,法定承认外蒙古之独立,除由行政院转饬内政部将此项决议正式通知外蒙古政府外,特此公告。
蒙古人民共和国国徽(1960年-1991年)随后国民政府表示支持蒙古入联合国。2月13日,国民政府与蒙古建立外交关系。從此,中國失去了對外蒙的控制權。