问个报税与绿卡申请的问题，谢谢！

我在纽约市工作，一个孩子随我住在纽约，老公在外州工作，我们两人都扣税了。周末去报税时，会计师说我们的主要居住地是纽约市，我老公要补纽约市税和纽约州税，大概要补几千刀，老公在外州扣的税大概可退回一半（$900）。是这样的规定吗？这样下来，我老公等于交一个半州税和一个纽约市税。我们可以分开报税吗？查出来会对我们的绿卡申请有影响吗？我们也不想这样作，可是几千刀对我们是很大一笔钱，而且觉得很不公平。以前上学其间，都是老公自己作税表，也不懂，我们夫妻都是分开报的，也没人查我们。