应该是不可以，2012年我的一个朋友同样情况没能从克罗地亚进波黑和塞尔维亚

可以在克罗地亚签。不过签证的事情政策总在变化，尤其前南几个国家都在申请加入欧盟的过程中，现在有变化也未可知。我自己的护照2012年就换成美国的了，去塞尔维亚和波黑是用的美国护照。所以我建议你最保险的办法，是直接给波黑大使馆发email，询问官方意见。