整个天安门广场清场行动大致可分为三个阶段:
第一阶段:时间是自1989年6月4日淩晨1点30分左右至6月4日淩晨2点钟左右。解放军戒严部队的任务是完成对天安门广场的封锁包围,在天安门广场四周设置警戒线,阻止成千上万赶来声援的学生和市民进入天安门广场,使得坚守在天安门广场纪念碑底座一带和平请愿的数千名学生孤立无援。
在这个阶段,杀死杀伤民众最多的解放军戒严部队,是负责天安门广场北面行动的陆军第38集团军,其次是负责天安门广场南面行动的空降兵第15军。在天安门广场南面担任警戒任务的陆军第54集团军,在天安门广场北面担任警戒任务的陆军第63集团军,在天安门广场西面担任警戒任务的陆军第27集团军、陆军第65集团军,以及在天安门广场东面担任警戒任务的陆军第39集团军、陆军第24集团军、北京军区炮兵第14师,基本上沒有杀人。
第二阶段:时间是自1989年6月4日淩晨2点钟左右至6月4日淩晨4点钟。解放军戒严部队的任务是清除並占领除了纪念碑底座以外的天安门广场区域,为驱逐坚守在纪念碑底座四周的数千名学生,最后完全占领天安门广场做好一切准备。
在这个阶段,在天安门广场北部执行任务的主要是陆军第38集团军,杀死杀伤民众最多。在天安门广场南部执行任务的主要是空降兵第15军,杀死杀伤民众其次。在天安门广场南面担任警戒任务的陆军第54集团军,在天安门广场北面担任警戒任务的陆军第63集团军,在天安门广场西面担任警戒任务的陆军第27集团军、陆军第65集团军,以及在天安门广场东面担任警戒任务的陆军第39集团军、陆军第24集团军、北京军区炮兵第14师,仍然基本上沒有杀人。