在義和團運動中，有250多名外國傳教士及2萬多名中國基督徒死亡（根据基督教会方面的統計）；也有許多與教會無關的中國人被義和團殺害。
教案頻發的原因主要有以下幾個：
- 治外法權凌駕中國法律
- 19世紀末，西方傳教士被准許在中國傳教和成立教會。在治外法权之下，不單教會的西方神職人員不受清政府管轄，一般中國信徒也常獲教會庇護。地方上，基督教教會每每因為文化、風俗差異等等各種原因，與地方民眾發生衝突。部分不良教民利用特權優勢欺壓當地普通民眾[11]，而地方政府卻往往因為懼於教會的治外法權，不欲與洋人作對而未能持公處理，加劇社會矛盾和不公，造成教案。
- 基督教会財產爭議
- 雍正禁教之后，基督教堂大多被没收充公。到咸同年间，这些房产有的早已翻拆改建，挪作他用，有的则是多次易手，查还已相当困难，但外国基督传教士仗着清廷上谕和法国公使的权威，往往不顾实际情况，任意索要绅民所尊崇的公所、会馆、书院、庙宇等，迫令退还，到后来发展到强迫买卖田地、低价勒索甚至霸占田地，因而激起中国人反抗。[12]
- 仇外心態
- 清末華北地方經濟破產，傳統社會綱紀解體；在轉變的時代，人心惶惶，各式秘密會社紛起。總之，教會、教眾和洋人、洋貨，成為了仇視的對象。
- 謠言
- 當時社會有許多詆譭西方人的謠言，如說洋人醫院挖小孩眼睛製迷藥、神父用特制器具吸男童陽精等等，而一般中國百姓一向迷信這類傳言，從而人人自危，對西方人及中國教友恨之入骨[13]。誣指被中国政府处死的基督传教士马赖，勾引奸淫妇女，而且奸污别人的新娘。再如，1901年被梵蒂冈教会封为基督教圣徒的郭西德，被誣指奸污民女，放纵一些无赖基督教徒在农民田地里抢劫收割庄稼，最后被中国民众处死。[14]
- 守舊勢力的反撲
- 教會除了傳教之外也興醫辦學、提倡破除陋習（如纏足納妾）、傳播新思想（如宪政、民主），與維新運動一樣不可避免會引起守舊勢力的仇恨。
