具有電子反制功能的SLQ-32(V)3/45的主動電子反制主要有兩種使用方式：第一是發出大量雜波迷惑來襲飛彈的雷達尋標器，例如以振幅不斷變化的欺敵脈衝來混淆圓椎掃瞄式雷達 ，第二種則是製造類似目標回波的假回波誤導反艦飛彈，但這兩種模式對採用反輻射導引的飛彈皆無效。在電腦的控制下，SLQ-32電子反制系統可同時對多目標進行電子干擾。此外，SLQ-32也負責在反制敵方目標時，控制MK-36干擾彈發射系統對目標投射各式誘餌與干擾絲。為了應付反輻射導引的飛彈，SLQ-32也可以朝已射出的干擾絲團發射電磁波，就可讓反輻射飛彈將干擾絲當成目標。美國艦艇在進行飛彈近迫防禦時，最仰賴的並非方陣CIWS，而是SLQ-32與MK-36構成的電磁波/干擾絲防護幕。
