频频主张中国变法图强
在访问欧美回来后，李鸿章在给诸多友人的信中频频主张变法自强：“此行遍历诸大邦，亲觇富强之实效，中国地大物博，果能上下一心，破除积习，力图振作，亦何事不可为，日本变法以来不过二十稔耳。”中国面临列强环伺、亡国亡种的危险，而“根本之计，尤在变法自强”。在这些信中他甚至还提出要废科举、改书院为学校、官员要学习外语等主张。
毫不保留地支持维新变法
1895年8月，维新派在北京组织强学会以推动维新，李鸿章对强学会的主张表示赞同，自愿捐金二千入会，但因此时他已名誉扫地而被拒。后来上海强学会成立并出版《强学报》，他又捐金一千表示支持。
1898年1月24日，翁同龢、李鸿章、荣禄、张荫桓等在总理衙门约见康有为。在长达几小时的会谈中，荣禄明确表示“祖宗之法不可变”，而李鸿章只在康有为说“宜变法律，官制为先”后追问了“然六部尽撤，则例尽弃乎”这一个问题。在这次约谈中，李只问此一个问题而未明确表态。
不公开表态不等于没有态度。对康、梁维新派，李鸿章实际暗中支持。1898年6月11日光绪下诏明定国事，历史上的“百日维新”开始。16日光绪召见康有为，命在总理衙门章京上行走。康有为退下时途中遇到李鸿章，李悄悄将荣禄参劾康有为、刚毅反对授官康有为之事告他，意在要康留神。还有一次，荣禄到颐和园谒见慈禧太后，正好李鸿章因太后赏他食品要向太后谢恩故同被召入。荣禄要在太后面前告状说康有为非法乱制，皇上如果听从必将有大害；同时他以李鸿章“多历事故”，应对太后直陈变法的害处。李鸿章则以叩头称“太后圣明”搪塞支应，并将此密告康有为。变法的各项措施如奖励工商等都是李鸿章多年主张的，其中将科举考试中的“八股”废掉改为策试，更得李鸿章赞赏。维新派本想废科举办学堂，但考虑到如果这样会遭到天下读书人的反对，所以妥协改为只是废八股，改为策试。李鸿章早就认为应该废科举，兴办学校，但他也深知其中艰难，所以维新派的仅仅是改八股为策试即使他兴奋不已。他曾对人说：“康有为吾不如也”，因为废八股“吾欲为数十年而不能，彼竟能之，吾深愧焉”。当然，这种赞赏都是私下的。当李鸿章听说废八股遭到许多读书人反对、甚至有人放风要刺杀康有为时，特派人前往康处，要康“养壮士，住深室，简出游以避之”；康有为奉命出京，李还“遣人慰行”，加以保护。创办京师大学堂时，他曾劝奉旨管理大学堂事务的孙家鼐请康有为出任总教习，虽然此议未成，但对京师大学堂创办、发展起过重要作用的西学总教习美国人丁韪良则是因他与孙家鼐的力荐才就任的。丁韪良后来对人说：“戊戌举办的各种新政，惟设立大学堂一事，李鸿章认为最关重要，赞助甚力。”
在慈禧太后面前自称是康党
戊戌政变发生后，慈禧重新训政，光绪被囚，康、梁逃往海外，“六君子”被杀，支持维新的官员受到不同程度的惩罚，新法尽废。在这严峻时刻，李却能暗中保护一些维新人士，如张元济因参加维新被革职，他不仅派人前去慰问，而且要盛宣怀在上海安排张的工作。由于他的许多思想与维新派相近，所以有人上弹章告他是维新派。慈禧太后曾向他出示这些弹章，并问他说：有人说你是康党。李鸿章回答说：“臣实是康党，废立之事，臣不与闻，六部诚可废，若旧法能富强，中国之强久矣，何待今日？主张变法者即指为康党，臣无可逃，实是康党。”慈禧听后只能“默然”。李鸿章之所以敢如此回答慈禧，因为他了解慈禧最关心的其实并非“法”变不变，而是她的权力是否受到挑战；注重的首先不是臣下对“变法”的观点，而是其是否参与光绪、“帝党”、维新派的实际政治活动。所以他强调“废立之事，臣不与闻”，表明不参与宫廷政争，不参与朝廷的“家务事”，若勉强翻译成现代话语，就是他十分明白“思想错误”与“组织错误”的区别。
把中国未来的希望寄托在康梁身上
就在政变发生几天之后，李鸿章奉慈禧之命宴请日本前首相伊藤博文及随员大岗，席间李鸿章说如果康、梁逃往日本，应将其引渡回国，被日方以按国际法政治犯不能引渡为由拒绝。大岗随后说根据他的看法，“与其将康有为搜拿惩办，不如加以培植以为振兴中国地步”，同时说李鸿章“创行新法”时间不短而成效不大，就是因为没有这种帮手；而近日康有为的所作所为，实是扩充李鸿章的未竟之功，所以不如让康“卒其业之为善”。对此，李鸿章回答说：“洵如君言，康有为日后可大有作为，惟据目下观之，了无异能耳。”这段话值得注意的是，李鸿章认为康有为日后可大有作为，只是现在能力、阅历还不够。从后来梁启超给李鸿章的信中也可看出此点，李曾托人带话给梁，要他在海外认真研究西学，历练才干。梁在信中说：“去国以来，曾承伊藤侯及天津日本领事郑君、东亚同文会井深君，三次面述我公慰问之言，并教以研精西学，历练才干，以待他日效力国事，不必因现时境遇，遽灰初心等语。私心感激，诚不可任。公以赫赫重臣，薄海具仰，乃不避嫌疑，不忘故旧，于万里投荒一生九死之人，猥加存问，至再至三，非必有私爱于启超也，毋亦发于爱才之盛心，以为孺子可教，而如此国运，如此人才，不欲其弃置于域外以没世耶。”
