抗战胜利后，民国海军在接收日本赔偿的残留舰艇和英美赠予的舰艇基础上，由美国顾问团指导，很快就重建起海防舰队、江防舰队和大批炮艇队，逐渐形成了一定的水面战斗力量，实力反而较抗战前有了显著地提高。
然而在战斗装备提高的同时，海军人事恶斗却愈演愈烈。首先是闽系海军将校长期霸占要津，排挤压制外省系的军官之晋升，连闽系出身的少壮派军官都觉得不满，导致海军内部矛盾重重。海军官校校长魏济民在海军总部与参谋长等高级军官聊天，有人谈起海军军官资历还是很要紧，必须按部就班，魏35岁升为代将（注：相当于准将），一听此话是针对他的，马上回了一句话：“明孝陵前面的那些石头人，他们的资历可深了。”
长期以来青岛系、黄埔系（广东黄埔海军学校毕业者）和“电雷系”（海军电雷学校毕业者）出身者无法积攒足够的资历与威望同闽系分庭抗礼。暮气沉沉的闽系海军官僚过分讲究学历与资历，他们看似彬彬有礼、满口洋文，却缺乏足够的军人气概来建设抗战后的新海军。兼任海军代司令的陈诚改组了海军人事和首脑机关，对海军的组织体制进行了重新规划。
桂永清
一个身穿陆军将官服的海军司令
1946年10月16日，国民政府正式任命中国驻英国军事代表团团长桂永清为海军副总司令，代理总司令职（1948年正式任命为海军总司令）。陆军出身的桂永清上任后，对海军闽系老将进行大规模的人事清洗和改革，却为几年后海军成批起义倒戈埋下了伏笔。
桂永清，黄埔军校第一期步兵队毕业，后又被陈诚保送到陆军大学第九期深造。桂永清在国民政府发布任命之前，就已到海军任职。他带进了一大批陆军官佐，这批海军新贵一到，直接越过国民政府的铨叙规定，按照陆军军衔直接挂海军军衔，顿时帽花黄澄澄的一大片（原海军的将校官因为晋升严格缓慢而寥寥无几），充斥了海军总司令部。有鉴于青岛系的刘广凯、宋长志、卢东阁以及电雷系的黎玉玺早就暗送秋波，桂永清上任之后自然投桃报李。舰职经历一片空白的刘广凯从中校科长空降担任“长治”舰上校舰长，一年之后就成为舰队代将司令。
由于海军教育的特殊性，在旧时代难以由我国自己的军事教育体系独立完成，抗战前后曾借助于英、美、德等海军强国代训或短训。很多主要舰艇的军官都有赴欧、美接舰的经历。军事留学经历，使部分海军军官较陆军等军种更具国际视野，熟悉国际军事礼仪，对新的科技有着较为深入的了解。加上海军兵员文化素质相对较高，待遇较好，使得国民党海军长期以来一直存在着所谓军种优越感。
桂永清到海军履新后，仍穿着陆军中将的军服。按国民政府《陆海空军军官服制条例》规定，兵科未变者只能着原来军种服装，故在一些外事活动中，就常见着一个身穿陆军将官服的海军司令。当时，南京下关的江面上，常泊有英、美、法等外国兵舰，多是抗战胜利后来中国访问的舰队司令级旗舰。由于相互之间的应酬往来频繁，按照很多海军老人的回忆，桂永清对国际海军礼仪一窍不通，很多老海军将领甚至是外军将领，对于中方老是由这位陆军中将出面表示不解和不满。锦州战役中，桂永清在风浪中登舰，军舰不放舷梯而放下绳梯，桂爬上舰后很愤怒，认为这是不尊重他。而海军人员则掏出手册，说明在某级海况下不得释放舷梯，没想到桂永清竟劈手将手册打落。长此以往，很多海军人员对他都有一种隔阂和轻视，这令桂永清很下不了台。
“伏波”号军舰
外行领导内行，酿成重大海难
在作战业务上，桂永清也不免带着陆军的思维。锦州战役中，桂永清调集刚刚回国，但没有对地攻击作战经验的“重庆”舰用6英寸主炮集中轰击地面，塔山的确成了一片火海，但结果是解放军不为所动，却令地面上的友军伤亡惨重。
由于海军被陆军“接管”，外行领导内行，终于酿成了一起重大海难。1947年3月19日的深夜，海军刚从英国接回的炮舰“伏波”号，在澎湖外海被招商局的一艘货轮“海闽”号拦腰撞沉。“伏波”号军舰100多名官兵全部葬身海底。同时遇难的还有海军学校派舰见习的士官生18人。究其原因，“伏波”号军舰舰长原为柳鹤图，率舰回国后即被桂永清解职。解职原因大家心里都有数，那就是柳是福建人，又毕业于马尾海军学校，是不折不扣的闽系“余孽”，当然在桂永清必须清除的名单之列。“伏波”号全舰赴英学习接收，经验丰富的官兵也被调换将近2/3。新任舰长姜瑜电雷学校第一期毕业，正宗的嫡系。柳调走后，姜一下就由副舰长升任了“一把手”舰长。陆军与海军不同。陆军的团长阵亡或调任，副团长马上就能接上来，副营长升正营长、副团长升正团长，是陆军中的规矩。而海军的舰长与副舰长之间有一大段的距离，按海军惯例，一船新手，再加上个没有经验的舰长，焉有不出事的道理！
身材魁梧但心胸狭窄的桂永清，在此次事件以后的数月中，非但没有吸取教训摒弃派系之争，反而来了个斩草除根，将海军中闽侯籍将校一一整肃干净，该冻结的冻结，该拉下的拉下，可谓片甲不留。对闽系海军的人也一一予以甄别，搞得海军全军人心惶惶，怨声载道。
但这一“恶果”，最后还是被桂永清自己吞下。在大陆“失守”之前，桂永清众叛亲离，几千海军官兵连同几十艘先进的战舰一起投向了解放军：“重庆”号出走青岛，第二舰队南京江面倒戈，第一舰队旗舰“长治”号在吴淞口起义，海军江防舰队在重庆附近的江面上演了成建制起义的大新闻……
国民党败退台湾后，恼羞成怒的桂永清只好以变本加厉的在海军中制造白色恐怖来向蒋介石交差，直到20世纪70年代，邹坚担任“海军司令”，国民党海军的“四海”派系之争才告一段落。
