1945年8月14日 日本宣布无条件投降。
8月23日 中共中央军事委员会组成，陈毅为委员。
8月25日 乘美军飞机由延安到山西黎城长凝机场，拟取道冀鲁豫返华中。
8月26日 被中共中央任命为新四军军长、华中局副书记。
9月19日 中共中央指示全国战略方针为“向北发展，向南防御”。决定罗荣桓率山东大部主力去东北，新四军大部主力到山东，一部去东北，江南部队撤到江北，中共华中局移至山东与山东分局合组成华东局，陈、饶到山东，在华中成立华中分局，受华东局领导。
10月4日 抵山东临沂，同罗荣桓会合，并开始交接山东工作。
10月10日 国、共双方代表签订《会谈纪要》。
10月12日 中央军委指示，华东目前的中心任务除调兵东北外，是切断津浦路，阻止蒋军北上，并求歼其一部或大部，以保卫解放区。
10月15日 津浦前线指挥部成立。接着即率指挥部移驻香城，组织津浦路徐州至济南段的作战。战役自10月18日开始，19日克邹县、大汶口，歼日伪军一部，11月3日又在界河以北歼伪第三方面军吴化文部4000余人，继续向南发展攻势，至12月中旬攻克滕县及临城（今薛城）外围各据点。至此，粉碎了蒋、日、伪军打通津浦路的企图，歼其2万余人。
10月25日 华中局、新四军领导机关全部入鲁，中共中央华东局正式成立。华中分局与华中军区亦成立。
12月3日 中央军委决定新四军军部兼山东军区领导机关。陈毅军长兼山东军区司令员。
1946年 45岁
1月7日 津浦前线指挥部撤销，组成山东野战军（简称山野），陈任司令员兼政委。下辖第一、第二纵队，第七、第八师。其时国民党军约10万人由徐州向鲁南枣庄、峄县（今峄城）一线进犯，山野于11日开始反击，国民党军缩据韩庄、贾汪一线。
1月9日 国民党新编第六路军由其总司令郝鹏举率领举行反内战起义，改编为“华中民主联军”。陈多次前往训活。
1月13日 国、共双方在1月10日签订的停战协议本日起生效。
1月23日 向飞抵峄县的军事调处执行部徐州小组提出国民党军违令的材料，要求查处。
2月2日 与飞抵临沂的军事调处执行部济南小组晤谈执行第二号命令事。
2月11日 在临沂西关文庙向党政军领导机关干部传达中共中央2月1日《关于目前形势和任务》的指示，指出练兵、减租、生产是目前解放区三项中心工作，部队要通过练兵达到正规化。
2月23日 华东局颁发了《百日练兵军政工作指示》。
3月2日至3日 三人委员会周恩来、张治中、马歇尔由北平飞抵济南，陈往迎接，并一同飞往徐州。其间详谈了国民党军诸多违令事件及处理办法。
3月7日 山东党政军领导机关在临沂集会庆祝叶挺将军出狱，陈到会讲话，并致电慰问，促请其返回新四军。
4月12日 得悉叶挺等于4月8日殉难，作《哭叶军长希夷同志》悼诗志哀。19日在临沂举行追悼会，陈号召“继承四?八烈士遗志，为革命奋斗”。
5月 在华东局高干会议上作《关于如何正确执行中央“五?四”指示的报告》。
6月 在临沂接见由青岛飞来的美海军陆战队的克莱门将军，向他揭露了国民党在美国的支持下，正准备发动全面内战的阴谋。
6月7日至16日 在山东境内胜利地进行了津浦路、胶济路讨逆战役。歼伪军3万余人，解放德州等城镇数座。
6月22日 中央军委鉴于国民党军大举进攻在即，拟定了外线出击以粉碎国民党军的内战阴谋的作战方针。陈毅表示坚决拥护。
6月26日 包围中原解放区的国民党军开始大举进攻，中原解放军胜利突围，全面内战爆发，解放战争开始。
6月28日至29日 到新安镇附近会晤中共华中分局领导人邓子恢、张鼎丞，研究作战方针。
7月1日 中共华东局发布迎击国民党军大举进攻的紧急动员令。
7月14日 在前方指挥所干部会上作《如何取得战争的胜利》的报告。
7月18日 徐州国民党军以17万余人开始向淮北、鲁南解放区进攻。山野积极准备迎敌。7月24日，对第八师营以上干部作出击华中的动员。
7月27日至29日 进行朝阳集战斗，歼国民党军第九十二旅等部5000余人。
8月7日至9日 围攻泗阳未克，淮北战场情势紧张，山野陷于被动。
7月13日至8月27日 苏中战役七战七捷。
9月7日 到华中分局与邓子恢、张鼎丞会商9、10两月在淮北作战问题。
9月19日 撤出淮阴、海安。
9月23日 中央军委指示合并山东、华中两个野战军指挥部，陈为司令员兼政委。
9月28日 报告中央军委：“陈已来华野，即以华野为统一指挥机关。宋时轮、唐亮率山野指挥部进驻沭阳以北，负责指挥七、八两师、滨海警备旅……华中分局移淮海区主持，陈士榘任军部参谋长，即在临沂主持工作。”
10月19日至30日 涟水保卫战，歼敌整编第七十四师一部，掩护华中后方向山东转移。
10月27日 在华中军区直属队干部会议上作《华东三个月自卫战争的总结和今后任务》的报告。
11月上旬 在涟水西北陈师庵召开团以上干部会议，进一步讲清形势任务与要求。
11月10日 对进攻鲁南解放区的国民党军发动台（儿庄）枣（庄）路反击战。
11月11日 延安《解放日报》报道华东部队开展立功运动的消息，“号召普遍响应立功运动”。
12月1日 朱德生日，在八师连以上干部大会上介绍总司令的生平和时事问题，号召八师连续打歼灭战。
12月9日 率一纵、八师自鲁南南下，待粟裕等到达后，于13日至19日胜利地进行了宿北战役，歼国民党整编第六十九师等部2．1万余人，中央军委传令嘉奖一切有功将士。此后，华东战局转趋主动。
12月25日 山东、华中两野战军合并。
1947年 46岁
1月2日至20日 鲁南战役获胜，歼蒋军5万余人。
1月下旬 华东全军实行统一整编，撤销山东、华中两野战军番号，正式组成华东野战军（简称华野），下辖12个纵队，陈为司令员兼政委，并成立中共华东野战军前委，陈为前委书记。
